14 декабря 1801 г. экспедиционный корпус (15—23 тыс. солдат; данные разнятся), погруженный на 12 судов под командой адмирала Вилларе де Жуайеза отплыл из Бреста, 29 января 1802 г. достиг залива Самана и 4 февраля высадился у Кап-де-Франс. Французские войска одержали ряд побед над восставшими. Так в феврале 1802 г. в сражении при Равине генерал Леклерк лично возглавлял атаку 5-го полка лёгкой пехоты. После падения в марте 1802 г. о-ва Крете-а-Пьеро сопротивление восставших стало иссякать. В связи с изменением обстановки, ряд высших офицеров армии восставших, которым Леклерк пообещал сохранить их звания во французской армии, перебежали к нему. «Черный Консул» Туссен-Лувертюр был вынужден начать переговоры, на которых он пообещал отойти от дел. Секретные инструкции Наполеона Леклерку предусматривали арест Туссен-Лувертюра. Леклерк арестовал Туссен-Лувертюра во время переговоров 7 июня 1802 г. и отправил во Францию, где тот и умер, находясь в заключении в замке Фор-де-Жу, в департаменте Ду, в 1803 г.
Страх перед Лувертюром в Сан-Доминго был очень высок, а его жёсткое правление создало ему много врагов. Умело используя амбиции молодых соперников Лувертюра, Леклерк был близок к тому, чтобы разоружить офицеров-креолов. В это время из Гваделупы пришли известия, что посланные туда французские экспедиционные силы восстановили там рабовладение. Именно это, как считал Лувертюр, было целью французских войск, и именно в этом он пытался убедить своих сторонников. Рабство было отменено в Сан-Доминго с конца 1793 г. Леклерк публично повторил обещание Наполеона, что «все жители Сан-Доминго являются французами» и навсегда свободны. Перспектива восстановления рабства на Сан-Доминго породила волну возмущения, которая похоронила надежды французов на восстановление контроля над колонией. Повстанцы-креолы вновь начали сражаться против французских войск, которые к тому же были ослаблены эпидемией жёлтой лихорадки, которая унесла жизни 25 тыс. французских солдат. В рапортах Леклерка во Францию говорилось: «Так как террор остался единственным инструментом, который я могу использовать, я применю его» и «мы должны уничтожить всех негров, живущих в горах, мужчин и женщин, оставив только детей младше двенадцати лет. Мы должны уничтожить половину негров, живущих на равнинах…».
Один из самых многобещавших сподвижников «генерала Бонапарта» – Шарль-Виктор-Эммануэль