Хотя Помпей покончил с засильем пиратов и вскоре после этого изгнал Митридата VI из Малой Азии окончательно, он решительно настоял на государственном субсидировании постоянного военно-морского флота, выйдя, таким образом, за рамки плана Суллы. В соответствии с его предложением эскадры стали патрулировать в 61 году до н. э. Адриатическое и Тирренское моря, что обходилось в 4 300 000 сестерциев. В том же году Флакк, наместник провинции Азия, извлек средства из приморских городов для содержания Эгейской эскадры, которая крейсировала в обоих направлениях от Эфеса. Опять же в 61 году до н. э. Римская республика тратила деньги на флот в мирное время, а молчание Цицерона по этому поводу в 60 и 59 годах до н. э. заставляет предположить, что корабли уже были заложены на верфях. Квинт Цицерон, сменивший в Азии Флакка, аннулировал сбор денег на корабли, полагая, что, в случае необходимости «quam vellet subito classem se comparaturum» (подготовит флот так быстро, как пожелает). Еще встречаются случайные ссылки на пиратов. Судя по всему, позиция Рима относительно флота оставалась на уровне 88 года до н. э.[13]
Тем не менее войны с Митридатом VI и сопутствующее пиратство показали, по крайней мере для наблюдателей, важность военно-морской мощи, что позабылось со времени Пунических войн. Понадобились гражданские войны, чтобы преподать урок с неоднократными подтверждениями. В первом из этих сражений Цезарь нанес поражение Помпею, несмотря на то что тот располагал более мощным флотом, поскольку Помпею не удалась в 49 году до н. э. попытка помешать переправе Цезарем подкреплений через Адриатику, а затем разбить в 48 году до н. э. Цезаря у Диррахия. Как удачно выразился один современник,