После скоропостижной смерти Д. С. Фурсикова в 1929 г. учреждение возглавляет Исай Давыдович Сапир (1897—1976)213. С 16 ноября 1931 г. ИВНД переименован в Институт психоневрологии, теперь входящий в Ассоциацию институтов естествознания Комакадемии214. Однако достаточно быстро все руководство Института оказывается разоблаченным в позициях «меньшевиствующего идеализма» и отстраняется215. Новый директор – Николай Иванович Проппер (Проппер-Гращенков, 1901—1965216). В 1932 г. Ассоциация институтов естествознания ликвидируется, институты передаются в ведомства по профилю, соответственно, Институт психоневрологии уходит под эгиду Наркомздрава РСФСР217. Такая нестабильность, безусловно, крайне негативно сказывается на результативности работы учреждения.
Параллельно, в стране происходит значимое событие в области организации научной деятельности: 15.10.1932 г. Институт экспериментальной медицины реорганизован во Всесоюзный институт экспериментальной медицины (ВИЭМ) при Совете Народных Комиссаров СССР; возглавляет новое учреждение Л. Н. Федоров218.
Новый научный центр создается «для всестороннего изучения человеческого организма на основе использования новейших достижений техники, физики, химии и биологии», он получает значительное материально-техническое и ресурсное обеспечение219. Благодаря усилиям Н. И. Проппера Институт психоневрологии возвращает себе прежнее название – Институт высшей нервной деятельности – и 17.03.1933 входит в состав ВИЭМ в качестве «Московского филиала», поставив целью «разрешение задач в области физиологии и патологии органов чувств, предусмотрев необходимые для этой цели перегруппировки своих внутренних сил и некоторое изменение своей структуры»220.
Александр Александрович Ющенко становится сотрудником ИВНД 01.07.1929 г.221; 15.04.1930 г. он приступает к работе «фактически» в физиологическом отделе222. Относительно физиологического отдела в этот момент времени следует отметить следующее. В целом, данное структурное подразделение занимается исследованиями по научным тематикам ИВНД, перечисленным выше223. На момент прихода на работу А. А. Ющенко, согласно штатному расписанию в отделе работают 4 научных сотрудников первого разряда (Чечулин С. И., Башмаков В. И., Юрман М. Н., Крылов В. А.), 3 – второго разряда (Стариков Г. С., Шмидт В. Ф., Михельсон Н. И.), 1 препаратор (Ролле С. Д.) и 3 лабораторных служителя (Богатырев Ф., Сейфудинов, Щеглов Я.). В отделе отсутствует