Якоби рассматривает спинозистскую систему как прототип спекулятивного пантеизма, и именно поэтому его самые яростные нападки направлены против нее. Возвышая Спинозу, он сделал многое, чтобы привлечь внимание Фихте, Шеллинга и Шлейермахера к этому мыслителю, которого так долго неоправданно игнорировали, и начать эпоху его положительной оценки. Через него же Шеллинг, по его собственному признанию, узнал о Бруно. Эти заслуги также не должны быть забыты. Подобно тому, как его критика впервые распознала фундаментальное противоречие в системе Канта, он также прекрасно справился с полемикой против натурализма и абстрактного монизма и выявил их слабые места. То, что он знал пантеизм только в этих двух формах, что конкретный монизм, против которого его критика неэффективна, еще не существовал в его время, что он не заметил зачатков такового и семян понимания бессознательного духа у Фихте и Шеллинга, конечно, не может быть поставлено ему в вину.
Якоби понимает природу как царство слепой механической причинности, в котором сознательный разум, если он существует, играет лишь роль бездеятельного зрителя. Он не в состоянии представить себе объективный разум в природе, потому что концепция бессознательного разума или психической деятельности кажется ему абсурдной, а всякий разум связан со свободой и личностью. Понятно, что в этих условиях не может быть и речи о внутренней природной целеустремленности. Понятие достоинства реалистически понимаемой природы у Якоби не менее ограничено, чем понятие идеалистически понимаемой природы у Фихте. Если понятие natura naturans формируется в соответствии с такой natura naturata, то это также может быть только механическая сила, действующая вслепую в соответствии с жесткой необходимостью, противоположной рациональному духу. Якоби, конечно, не прав, когда подчиняет эту фактически атеистическую концепцию природы спинозизму и натурфилософии Шеллинга. Он также не прав, когда объявляет невозможной любую демонстрацию необусловленного, поскольку это свело бы необусловленное к чему-то обусловленному его причинами; ведь это возражение возникает из-за путаницы между реальным основанием и основанием знания. С другой стороны, он прав, когда критикует Спинозу за то, что тот говорит о божественных советах и мировом правлении, несмотря на отрицание всякой телеологии, и тем самым интерпретирует свою слепую судьбу как провидение. Он прав в том, что только при наличии провидения или рациональной телеологии абсолют становится богом, то есть возможным объектом религиозных отношений для человека, и что это условие у Спинозы не выполняется. Он прав в том, что у Фихте и Шеллинга, несмотря на утверждаемую целенаправленность мирового процесса, не может быть заявлено ни о какой приемлемой его цели, поскольку в вечном процессе невозможно реальное становление и не возникает