Французская революция 1789 г. застала Жубера студентом факультета права Дижонского университета. Революцию, как и большая часть молодежи, тем более студенческой, он воспринял восторженно. В конце 1791 г., когда все предвещало близкую войну, охваченная патриотическим порывом французская молодежь в массовом порядке начала вступать в армию, чтобы с оружием в руках защищать завоевания революции от вражеского нашествия.
Среди молодых патриотов был и Жубер: в декабре 1791 г. он вступил рядовым солдатом в Дижонский батальон волонтеров (добровольцев), который вскоре вошел в состав Рейнской армии. В первых же боях с интервентами показал себя храбрым и умелым бойцом, был замечен командованием и уже через несколько месяцев произведен в офицеры (1792).
Столь быстрое продвижение по службе в то время объяснялось прежде всего рядом обстоятельств. Во-первых, в результате массовой эмиграции за границу офицеров-дворян во французской армии образовался большой некомплект командного состава, который необходимо было быстро восполнить. Во-вторых, создание в короткий срок в революционной Франции вместо сравнительно небольшой наемной королевской армии массовой (народной) армии привело к острой нехватке командных кадров. В результате на офицерские должности в массовом порядке стали выдвигаться наиболее способные унтер-офицеры (сержанты) старой армии, в том числе и бывшие, а также отличившиеся в боях и проявившие командные способности солдаты. К числу последних принадлежал и Жубер.
В 1793 г. уже в чине капитана он сражается в рядах Альпийской армии. Особенно отличился геройской обороной редута в Тендском горном проходе. Возглавляемая им рота защищала этот редут до последней возможности, отразив все атаки противника, располагавшего многократным превосходством в силах. Австрийцам удалось овладеть редутом только после того, как у его защитников закончились боеприпасы, и окруженные противником они вынуждены были положить оружие. Попавший в плен Жубер через некоторое время был освобожден под честное слово не участвовать в течение года в боевых действиях против австрийцев и их союзников.
Летом 1794 г. уже в чине подполковника он прибывает в Итальянскую армию и получает в командование батальон. Вступивший весной 1795 года в командование этой армией генерал Келлерман назначает Жубера командиром полубригады, и вскоре по его представлению Жубер получает чин полковника. Линейная полубригада французской армии того времени включала в свой состав три батальона, а ее численность обычно не превышала 2,5—3 тыс. чел. (легкая полубригада имела тот же состав и численность не более 1 тыс. чел.).
Штатная должность командира полубригады была полковник, но за боевые отличия им нередко присваивался и чин бригадного генерала.
Так произошло и с Жубером.
За отличие в сражении при Лоано (1795) он был произведен в бригадные генералы.
Было