Распутина назвал его в Думе «загадочной картинкой», Протопопов вступил уже на путь «революционно-правой», по собственному выражению, политики, выразившейся в борьбе с Государственной Думой, запрещении съездов, преследовании общественных организаций и печати, давлении на выборы и, наконец, многочисленных арестах, завершившихся январским арестом рабочей группы военно-промышленного комитета. Этим, а также и тем, что на Протопопова временами «накатывало», что сближало его с духом Царского Села, объясняется его пребывание на посту до конца; после убийства Распутина 17 декабря положение Протопопова не только не пошатнулось, но упрочилось: 20 декабря он был из управляющих сделан министром внутренних дел, и с тех пор, несмотря на все окружавшие его враждебные толки и на многочисленные попытки весьма влиятельных лиц заставить его уйти, продолжал свое дело до последней минуты.