– 1-й дивизион эсминцев. Дивизион входил в эскадру формально, т. к эсминец «Шаумян» (капитан-лейтенант Валюх) был придан Одесской ВМБ, эсминцы «Фрунзе» (командир – капитан-лейтенант П.А. Бобровников) и «Дзержинский» (капитан-лейтенант П.И. Шевченко) были переданы в оперативное подчинение Батумской военно-морской базе, а «Железняков» (капитан-лейтенант В.С. Шишканов) до 20 октября 1941 г. в ремонте на Севморзаводе;
– 2-й дивизион эсминцев в составе «Ташкент» (капитан 3-го ранга В.Н. Ерошенко), «Быстрый», «Бодрый» (командир капитан 3-го ранга В.М. Митин), «Бойкий», «Безупречный» (командир капитан 3-го ранга П.М. Буряк), «Беспощадный». При этом «Ташкент» находился в Николаеве на ремонте, в ходе которого устанавливалось артвооружение, эсминец «Быстрый» (командир капитан 2-го ранга С.М. Сергеев) находился на ремонте, на заводе № 201 в Севастополе;
– отряд легких сил (командир контр-адмирал Т.А. Новиков) в составе крейсеров «Молотов» и «Ворошилов» и 3-го дивизиона эсминцев: «Москва» (командир капитан-лейтенант А.Б. Тухов), «Харьков» (капитан 3-го ранга П.А. Мельников), «Смышленый» (командир капитан 3-го ранга В.М. Тихомиров-Шегула), «Сообразительный» (командир старший лейтенант С.С. Ворков).
В стадии достройки и ходовых испытаний в Севастополе находились эсминцы «Свободный», «Способный» (командир капитан-лейтенант Е.А. Козлов) и «Совершенный» (ВРИО командира старший лейтенант С.И. Федоров), планируемые в 3-й дивизион.
Первая бригада подводных лодок (командир капитан 1-го ранга П.И. Болтунов, начальник штаба капитан 1-го ранга А.В. Крестовский) базировалась на Севастополь, в нее входили:
– 1-й дивизион в составе трех «Ленинцев» (Л-4, Л-5, Л-6), из которых в строю находилась только Л-5, да и то во 2-й линии, в ожидании ремонта и модернизации. Капитальный ремонт Л-4 был завершен 7 августа 1941 г. От капремонта подводной лодки Л-5 решили отказаться, однако ее техническое состояние все же заставило поставить ее в ремонт, который продолжался с ноября 1942 г. по май 1944-го. Ремонт Л-6 завершился в октябре 1941 г.;
– 2-й дивизион в составе трех «Декабристов» и четырех «Сталинцев», из которых Д-4 в ремонте на СМЗ (закончен в октябре 1941 г.), Д-5 (во второй линии в ожидании ремонта), Д-6 на ремонте на СМЗ, ремонт завершен не был, лодка затоплена у пирса при оставлении Севастополя). С-31, С-32, С-33 вошли в строй в 1940–1941 гг. С-34 находилась на испытаниях;
– 3-й дивизион в составе Щ-204, Щ-205, Щ-206, Щ-207 (ремонт), Щ-208, Щ-209, Щ-210, плавбаза «Волга»;
– 4-й дивизион насчитывал в своем составе всего одну действующую подводную лодку Щ-211, остальные лодки Щ-212, Щ-213, Щ-214, Щ-215 находились на ремонте в Николаеве.
Обслуживала бригаду плавбаза «Эльбрус».
В районе Главной базы проходила ходовые испытания подводная Щ-216, планируемая в 4-й дивизион 1-й бригады.
Вторая бригада подводных лодок также базировалась на Севастополь. В нее входили:
– 6-й дивизион в составе одной старенькой «импортной» ПЛ А-4, которая находилась в Поти, остальные лодки в это время ремонтировались в Севастополе (А-1, А-2, А-3, А-5);
– 7-й