Наличие нуклеотидов в минеральных инкубаторах жизни, а также энергии градиента протонов и глубинного источника широкого набора химических элементов позволило осуществить следующий этап эволюции – при периодическом повышении температуры синтезировать из нуклеотидов сложные органические молекулы (коммунальное сообщество) – предшественники каталитического РНК, которые условно назовем «прото-РНК». Полагаем, что в огромном количестве инкубаторов жизни появилось значительное число прото-РНК, которые, по-видимому, отличались между собой в каких-то компонентах. Какие-то из этих природных генетических полимеров, используя циркуляцию термальных растворов, изобрели процессы примитивного метаболизма. Метаболизм обеспечивал снабжение наиболее успешных представителей прото-РНК необходимыми ресурсами из окружающей среды. Прото-РНК использовали эти ресурсы недр для своего дальнейшего усложнения (развития), т. е. для устойчивого роста.
Постепенное усложнение прото-РНК на протяжении миллионов (!) лет привело к синтезу рибозимов (каталитических РНК), которые имели много общего с известными ныне молекулами РНК. Эти рибозимы были способны катализировать в минеральных микропустотах-инкубаторах химические реакции по самовоспроизводству и эволюционированию большого количества цепей РНК для формирования «мира РНК[51]». В те времена РНК-молекулы являлись, фактически, целыми организмами, в которых каталитическая РНК исполняла функции ДНК и ферментов, обеспечивала жизнь всего организма. Так, что каталитическая РНК стала первым репликатором[52], обладавшим свойством наследования информации о строении и функциях. Надежное самовоспроизведение (репликация) могло происходить не только путем химического катализа, но также благодаря разделению молекулы (набора молекул) каталитической РНК на части в процессе выдавливания из поры (трещины)