К началу 1921 г. структура Института включала общий аппарат управления, экономическое, техническое, психо-физиологическое и педагогическое бюро291.
Руководство учреждением осуществлял заведующий, которого, как и его заместителя, назначал президиум ВЦСПС. Управленческий аппарат ЦИТ состоял из совета, президиума и организационного бюро (учёного совета292).
Высшим руководящим органом Института по идейно-политической линии был Совет, сформированный из представителей крупнейших профессиональных организаций, хозяйственных органов и верховных политических организаций, а также сотрудников ЦИТ. Первый состав Совета отличался особой представительностью. Его председателем был руководитель ВЦСПС Михаил Павлович Томский (1880—1936), в состав входили М. И. Калинин, Ф. Э. Дзержинский, В. В. Куйбышев, представители четырех профессиональных союзов, члены президиума ВЦСПС, народного комиссариата труда, заместитель председателя Высшего совета народного хозяйства, председатель Госплана, представители Всероссийского центрального исполнительного комитета, Главэлектро, Главметалла, Автопромторга, ВЦИК. Надо подчеркнуть, что в первый состав Совета входил и П. М. Керженцев – крупный специалист по НОТ и будущий ярый оппонент Гастева. От лица Института в Совет входили сам Алексей Капитонович и К. Х. Кекчеев293.
Спустя несколько лет появилась ещё одна структура. Во второй половине 1920-х гг. Параллельное функционирование двух организаций – ЦИТ и «Установки» – на фоне как расширения работ, охвата новых отраслей промышленности, так и конфликтов, и конкуренции с иными учреждениями в области НОТ (подробно см. далее) явным образом требовали большего политического влияния в управленческих вопросах. Поэтому, 22 марта 1928 г. принято решение о создании расширенного Совета ЦИТ «из представителей партийных, профессиональных и советских организаций» под председательством М. П. Томского294. Президиум ВЦСПС поддержал инициативу «в целях лучшей увязки ЦИТ’а с советской общественностью» и рекомендовал сформировать совет в количестве 75 человек, из которых не менее половины должны были составлять «ударники добровольцы» с заводов и фабрик Москвы295. Несколько месяцев продолжались формирование состава расширенного совета, при этом количество его участников снизилось до 40. Впрочем 27 июля 1928 г. Президиумом ВЦСПС был утвержден окончательный его состав из 59 человек (семеро из них образовывали Бюро совета)296. Расширенный (большой) совет собирался ежеквартально, рассматривал отчёт о деятельности ЦИТ и выносил решения, которые становились основой для работы президиума ЦИТ