В 1911 г. Б. В. Бабин впервые арестован и сослан в Архангельскую область; из ссылки сбежал, был вновь арестован и сослан в Туруханский край. В 1913 г., после амнистии начался относительно спокойный период его жизни. Борис Вячеславович женился, в следующем году у него родился сын Игорь. Теперь он ведёт исключительно мирную политическую борьбу, а в июле 1917 года избирается городским головой г. Александровска-Грушевского (ныне – г. Шахты, Ростовской области) и председателем исполнительного комитета Совета Черкасского округа Области Войска Донского, участвует в работе III съезда партии социалистов-революционеров. В Гражданской войне Б. В. Бабин принимает сторону Белого движения, собственно поэтому и оказываясь на Дону. Здесь он ведёт политическую и литературную работу, в 1918 г. избирается членом комитета Учредительного собрания в г. Екатеринодаре. Также Б. В. Бабин работает в редколлегии газеты «Родная земля»169.
На фоне развития событий Гражданской войны Б. В. Бабин с супругой Бертой Александровной всё больше жалеет о своём выборе, в том числе из-за явного экстремизма эсеров, их осознанного разрыва с большевиками и последующей ликвидации многопартийности. Наконец, накопившиеся разноглася вынуждают сделать непростой выбор – в сентябре 1920 г. семья переезжает в Москву.
Увы, в 1921 г., всего через несколько месяцев после начала столь активной работы в Институте труда, Б. В. Бабин-Корень арестован по причине принадлежности к эсерам и деятельности на Дону. В мае 1922 г. он освобождён и сразу же возвращается на работу к Гастеву. Однако его мытарства только начинались. Спустя всего несколько месяцев Борис Вячеславович арестован повторно, после голодовки и разбирательств освобождён, опять работает в Институте труда, входит в состав Учёного совета, занимает должность учёного секретаря. В 1923 г. снова арест; спустя 2 года Б. В. Бабин-Корень на несколько месяцев выходит на свободу, но очень быстро и очень надолго опять оказывается в заключении. Больше в Институт труда Борис Вячеславович не вернулся.
В период работы в Институте труда ВЦСПС Б. В. Бабин-Корень написал несколько трудов с анализом и систематизацией зарубежного опыта по подготовке и управлению рабочей силой, также самостоятельно перевёл и снабдил информативными предисловиями целый ряд фундаментальных монографий по НОТ европейских и американских авторов170. Примечательно, что типография Института выпускала книги Бориса Вячеславовича и в период его пребывания в заключении.
В конце 1920 г., «опираясь на волю ВЦСПС», А. К. Гастев вёл фактическое развёртывание Института Труда ВЦСПС171.
Впрочем пышное слово «развёртывание» мало соответствовало