Приступив к исполнению возложенных на него обязанностей генерального консула, Кондратий фон Тонус вошел в доверие к фактически управлявшему тогда Египтом дуумвирату мамлюков в лице Мурад-бея (1750–1801) и Ибрахим-бея (1735–1816), выходцев с Кавказа, которые вынашивали планы по высвобождению Египта из-под власти Порты. Снискал популярность и среди местного населения, называвшего российское консульство «домом правды». Пользовался авторитетом у европейских консулов. Особо тесные отношения у барона фон Тонуса установились с Ибрахим-беем.
Императорским указом барону фон Тонусу предписывалось «всякие предосудительные слухи о России опровергать» и содействовать тому, чтобы мнение египтян о могуществе России крепло и ширилось. В отношениях же с христианами египетскими долженствовало доводить до их сведения о проявляемом «сильном покровительстве Ее Императорского Величества ко всем христианам».
Документы, хранящиеся в Архиве внешней политики Российской империи (АВПРИ), сообщают, что в 1785 г. Александрийский порт посетило 11 судов под русским флагом; и что из Египта и Сирии транспорты эти ходили с товарами в Таганрог и Херсон19.
В 1786 г., опасаясь отложения Египта от Османской империи, Порта предприняла военную кампанию. Для усмирения Мурад-бея и Ибрахим-бея направила туда военно-морскую экспедицию во главе с капудан-пашой (командующим флотом Османской империи) Джезаирли Гази Хасаном-пашой. В июле 1786 г. турки высадились в Александрии и 8 августа вошли в Каир. Мурад-бей и Ибрахим-бей обратились к барону фон Тонусу с просьбой выступить посредником в урегулировании их отношений с турками. Хасан-паша предложение барона на этот счет отклонил. Требовал неукоснительного повиновения беев Порте и незамедлительной выплаты задержанной дани. Беи отодвинулись в Верхний Египет, вместе с последовавшей за ними тысячью мамлюков20. Управление страной турки передали в руки лояльного им мамлюкского бея Исмаила, назначив его новым губернатором Египта (каймакамом в речи турок и шейх эль-билад в речи египтян). 26 октября стороны схлестнулись у Эль-Маншийи. Решающего перевеса во время сражения ни одна из сторон не добилась. Кондратий фон Тонус, как следует из архивных документов, поддерживал с бунтовщиками-беями секретную связь, сообщал им становившиеся ему известными сведения о передвижении турецких войск.
Среди мамлюков, отступивших в Верхний Египет, имелось много выходцев из России, в основном с Кавказа, из Грузии и Абхазии, в том числе 860 русских рядовых кули (солдат), 11 русских кашифов (высших офицеров) и 1 русский бей (генерал). Этим русским беем, приближенным мятежных беев Мурада и Ибрахима, хроники Египта называют Семена Кирилловича Рутченко, сына бахмутского (ныне это – Артемьевск) казачьего атамана, захваченного в возрасте 16 лет в плен крымскими татарами и проданного в рабство в Египет. Приняв ислам, он взял мусульманское