Пирогов отчасти разделяет закон самосохранения, полагая, что все сотворенные сущности стремятся к сохранению своего существования. Однако подобно тому, как в живых организмах стремление к сохранению вида оказывается сильнее инстинкта самосохранения, так и в человеческом мире любовь к источнику существования – Богу – сильнее, чем любовь к самому существованию.
Воспитанный в традициях естествознания своего времени, Пирогов тем не менее органически не приемлет господства эмпирического позитивизма в науке. По мнению ученого, привлекательный на первый взгляд позитивизм, желающий опираться только на опытные факты, неизбежно опирается в узкое доктринерство. Положительное знание, согласно Пирогову, говорит нам лишь о внешней стороне окружающего нас мира и нас самих. Между тем мышление человека не ограничивается этим внешним познанием, а стремится познать и сущность вещей. При этом не следует вовсе отказываться от эмпирии или пренебрегать ею, не признавать выработанных наукой и опытом методов или считать их малозначащими, чтобы претендовать на право выйти за пределы очерченного им «волшебного круга». Эти сложные, «запредельные» вопросы возникают с роковой необходимостью, а посему отказаться от их разрешения для Пирогова равносильно «изнасилованию» своего ума. Правда подобные вопросы, как метафизические, не могут быть точно и явно усвоены человеком, но, раз они есть, личность должна их разрешать, и потому Пирогов решительно заявляет, что он «не в силе приказать мысли: не ходи туда, где можно заблудиться». Более того, внутренний опыт необходим не только в метафизике, но и вообще в деле всякого познания. По мнению ученого, опыт наблюдения дает не только начальный толчок и материал для познания; внутренней ее силой, организующей этот материал в знание, является отвлечение и умозрение. Игнорируя природу человеческого мышления, исключая из области знания все вопросы религиозно-философского характера, позитивизм идет наперекор духовным влечениям природы человека. Напротив, кто внимательно и непредвзято всматривается в действительность, тот знает, что, несмотря на все наши опытные открытия, жизнь остается величайшей тайной и чудом, которому мы не изумляемся только потому, что видим ее ежедневно.
Таким образом, эта общая критика эмпиризма фокусируется у Пирогова в одной специальной идее, которую без преувеличения можно назвать гносеологическим открытием, в которой он на многие десятилетия предваряет открытия современной феноменологии знания. В противовес эмпиризму, для которого все непосредственно очевидное представляется как неустранимый факт, Пирогов убедительно показывает, что в основе всех чувственных данных лежит начало, которое