На заре XVI века династию Тимуридов свергли вновь собравшиеся с силами Чингизиды, перекочевавшие из улуса Джучи, или Золотой Орды, и попутно отвоевавшие прежние территории. Ханство Чингизидов следовало по тому же пути, что и государство Чагатаидов. В 1327 году Узбек-хан принял ислам, и ханство стали называть улусом Узбека. По мере того как междоусобные войны претендентов на трон разрушали любое подобие политической сплоченности, ханство начало слабеть и дробиться. Русские княжества обретали все большую независимость, а в Крыму и на Волге возникли мусульманские и тюркоязычные государства-преемники. Восточная часть улуса Узбека оставалась преимущественно кочевнической. В XV веке Абулхайр-хан (1428–1468 гг.), потомок Шибана, пятого сына Джучи, показал себя могущественным правителем, однако после его смерти государство распалось, а последователи рассеялись. В конце XV века его внук Мухаммед Шейбани-хан привел от 200 000 до 400 000 своих подданных на юг в Мавераннахр, где они свергли Тимуридов и основали свое узбекское государство. Одним из изгнанных тимуридских князей был Захир-ад-дин Мухаммад Бабур (1483–1530). Он сбежал с горсткой своих приверженцев в Кабул. Славу и богатство он обрел в Индии, где основал империю Великих Моголов, просуществовавшую до 1857 года. Моголы называли себя Тимуридами и на протяжении многих веков чтили тимуридское и центральноазиатское наследие.
Массовые миграции кочевников, которые часто превращались во вторжения и завоевания, с самой древности были отличительной чертой евразийской истории. Узбекское вторжение-миграция было одним из последних таких переселений. Завоевания Шейбани-хана позволили восстановить господство Чингизидов над Мавераннахром, но не отменили культурные преобразования эпохи Тимуридов. Как и Тимуриды, Шейбаниды приняли ислам и покровительствовали мусульманской элите. Государство Шейбанидов представляло собой сильно децентрализованную племенную конфедерацию, однако первенство в Мавераннахре принадлежало Бухаре – столице, центру торговли и образования. Кульминацией истории этой династии стало правление Абдуллы-хана II (1583–1598 гг.), на протяжении которого в Бухаре было построено несколько медресе и караван-сараев. Власть Шейбанидов повлияла и на демографию Мавераннахра: здесь появилось многочисленное тюркское население, значительная часть которого осела и занялась земледелием. Персидский язык остался языком образования и управления, однако в долгосрочной перспективе прирост тюркского населения изменит и языковую ситуацию. В 1598 году Шейбанидов свергла еще одна династия Чингизидов из улуса Джучи – Аштарханиды. Это событие имеет прямое отношение