Александр III поручил новогвинейское дело специальной комиссии. Ознакомившись с предоставленными бумагами, комиссия отвергла проект Миклухи-Маклая из-за возможных внешнеполитических осложнений и чрезмерных финансовых затрат. Царь вынес вердикт: «Считать это дело конченным Миклухе-Маклаю отказать». Сегодня сложно сказать, что принесла бы России колонизация Новой Гвинеи. Как знать, но в свете последующих событий вполне возможно, что именно русская колония в Новой Гвинеи стала бы главным прибежищем и местом проживания послереволюционной русской эмиграции. Как знать, может быть, и до сих пор на карте мира существовала бы русская Новая Гвинея, населенная нашими соотечественниками. Увы, история не имеет сослагательного наклонения…
Неудача с организацией колонии в Новой Гвинее окончательно сломит Николая Николаевича. Слишком много сил и нервов отдано этому делу. Последние месяцы 1886 года были заполнены у Николая Николаевича работой над дневниками новогвинейских путешествий. Миклухо-Маклай продолжал эту работу урывками и в 1887 году, зарабатывая на жизнь редкими научными публикациями и страдая от «петербургского воздуха» и последствий перенесенных тропических заболеваний. Последние дни жизни Миклухо-Маклай провел в клинике Виллие при Военно-медицинской академии в Петербурге. Изношенный организм исследователя слабо сопротивлялся болезням. Не дожив и до 42 лет, Миклухо-Маклай умер на больничной постели в субботу 2 (14) апреля 1888 года
Что касается Владимира Миклухи, то вскоре после смерти брата он решает вернуться на военный флот. Миклуха едет в Петербург, пишет прошение на имя генерал-адмирала и ждет решения. Одновременно он подал прошение и об изменении фамилии, в память об ушедшем в мир иной брате. Чтобы не терять времени даром, записывается слушать курс астрономии и геодезии в Пулковскую консерваторию. Там он встречает лейтенанта Дриженко, младше двумя годами выпуска. Начинается дружба, которая продлиться всю оставшуюся жизнь Миклухи.
Впоследствии Федор Дриженко станет известным исследователем Байкала и дослужится до чина генерала гидрографии. Через Дриженко приятельствовал Миклуха в ту пору и со столь известными впоследствии людьми, как исследователь Новой Земли Андрей Вилькицкий, будущий академик океанограф Юлий Шокальский. Бывал в доме у Дриженко в те дни и композитор Римский-Корсаков (сам в недавнем прошлом флотский офицер), с удовольствием игравший молодым лейтенантам отрывки из своей последней сюиты «Шахерезада».
Наконец пришло известие. Прошение Миклухи удовлетворено, и он определяется в 7-й флотский экипаж. Удовлетворено было и второе прошение. Теперь