Организация академии была существенно изменена в 1862, 1888 и 1893 годах. В 1862 г. было установлено, что с 1863 г. для поступления в академию (кроме геодезического отделения) надо прослужить 4 года (исключая время службы на нестроевых должностях). Из окончивших в Генеральный штаб зачислялись только на вакансии, а остальные возвращались в части, причём окончившие по 1-му разряду – со следующим чином (но не выше капитана Генерального штаба или равного ему майора армии). В 1863 г. и на геодезическое отделение принимали после 2 лет строевой службы. Но уже в 1868 г. из 4 лет можно было иметь только 2 года строевой службы для всех поступающих. При этом приём (ранее не ограниченный) был установлен в 50 человек (геодезическое отделение – 19 человек за два года). В 1869 г. для окончивших по 1–2-му разрядам был введён дополнительный 6-месячный курс.
На общем отделении академии главными предметами были тактика, стратегия, военная история, военная администрация, военная статистика, геодезия с картографией, съёмкой с черчением, а вспомогательными – русский язык, сведения по артиллерийской и инженерной части, политическая история, международное право и иностранные языки. На геодезическом отделении – теоретическая и практическая астрономия, физическая география, геодезия со съёмкой и черчением, картография и военная статистика; вспомогательными – военная администрация, тактика, русский и иностранные языки.
С 1894 г. квота на число поступающих отменена, но изменились и правила выпуска: было установлено, что основная задача академии – распространение высшего военного образования в армии. В соответствии с этим после 2-го курса офицеры выпускались в войска, а лучшие поступали на дополнительный курс, и лишь окончившие его причислялись к Генеральному штабу. Выпускники были обязаны прослужить в военном ведомстве 1,5 года за каждый год обучения.
Довольно большое число офицеров по разным причинам отчислялись до окончания курса: за 1881–1900 гг. было отчислено 913 человек. Зато окончившие академию занимали впоследствии высшие командные посты.
По положению (пр. по воен. вед. 1893 г.) Николаевская академия Генерального штаба имела целью:
«а) развитие высшего образования среди офицеров армии и
б) комплектование