Лейтмотивом второго тома (части) «Мустафад» является стремление Марджани объединить в единый татарский миллет всех мусульман округа ОМДС, независимо от их сословно-этнической принадлежности (булгар, татар, мишарей, башкир, казахов, ногайцев, сибирских татар), а также по возможности (ре)исламизировать кряшен, чувашей и угро-финские народы края. Татарская нация (миллет) обозначала у Марджани самоназвание религиозной общины, сложившейся в составе исторических тюркских государств на территории Европейской России и Сибири.
В «Мустафад» впервые представлена история органов национального самоуправления (ОМДС и Казанской Татарской Ратуши), основных населенных пунктов, мечетей и улемов. Марджани не выделяет мурз в качестве группы общенациональной элиты, в отличие от улемов и буржуазии. Татарская идентичность у историка носит общенациональный характер, а не является признаком сословия мурз (служилых татар), как ранее. Тем самым отрицается и булгарская идентичность абызов и части улемов. Исследуя историю Казани и Заказанья, Марджани закладывает и основы истории региона. «Мустафад» представляет собой уникальный справочник по духовной жизни татарского мира, позволяющий получить информацию о сложнейшем характере учебных, имущественных, родственных отношений, связывавших различные слои татарского общества. Гениальность Марджани заключается в том, что он сумел соединить в одно целое и общемусульманскую историю, и историю казанских татар. Описание подъема общественной и культурной жизни татар на началах частной инициативы конкретных лиц, в отсутствие собственной государственности, является величайшей заслугой ученого. Эта модель была в дальнейшем развита И. Гаспринским, начиная с его статьи «Русское мусульманство».
Если И. Гаспринский рассматривал светскую интеллигенцию как основную группу национальной элиты, то Марджани эту роль отводил улемам. Идея миссионерства и стремление исламизировать нерусское населения края у Марджани не имеет аналогов в деятельности джадидов. Вместе с тем идеи гражданского