Следующей ключевой проблемой, стоявшей на повестке дня, было обсуждение реформы Духовного Собрания. Г. Исхаки выступил против превращения Раиса уль-улама (главы улемов) в «большого бюрократа». Он считал, что лидер российских мусульман должен действовать в рамках не старого строя, а нового, демократического режима. Казанский имам и мударрис К. Тарджемани заявил, что лидер мусульман России будет действовать во имя народа, и его роль не будет зависеть от формы правления в государстве. Исмаил Гаспринский призвал к тому, чтобы автономию возглавили Г. Баруди и Ю. Акчура. Таким образом, муфтием должен был стать улем, а его помощником – юрист (см. п. 15–16 программы Ю. Акчуры, представленной «Голяма жэмгыяте» в апреле 1905 г.). Преподаватель медресе «Мухаммадия» Ахметжан Мустафа заявил, что мусульманам не нужны муфтий и муфтият, назначенные правительством. Основной задачей муфтия должна стать реформа Духовного Собрания и школ, при этом должны быть изданы фетвы, обеспечивающие прогресс нации. Для принятия этих фетв необходимо создание органа, объединяющего улемов, мударрисов и политиков. Он призвал к тому, чтобы этот орган находился в контакте с правительством с целью недопущения создания законов, противоречащих интересам народа. Для каждой сферы должен быть избран свой председатель: для религиозных вопросов – из улемов, для образовательных и воспитательных вопросов – из педагогов, для политических и правовых – из юристов. Пусть каждый вопрос решается большинством голосов. «Тангчы» Хасан Мамин утверждал: «Если у нашей религии будет автономия, мы изберем не одного раиса (председателя), а столько, сколько требуется». Исхаки потребовал прямого избрания народом раиса, муфтиев и казыев. Из этого можно заключить, что принципиальных разногласий между либералами и социалистами в вопросах образования и религии не наблюдалось.
В итоге было принято решение о создании пяти муфтиятов в основных мусульманских регионах России и формировании высшего теологического органа во главе с Раисом уль-улама – главой религиозной автономии в ранге имперского министра.
Хади Атласи выступил за создание института единого муфтия, ссылаясь на слова Марджани: «В исламе не должно быть двух лидеров (раисов). Если лидеров будет больше, то настанет раскол». Алимджан Баруди заявил, что реальная власть будет в руках одного лидера, «в исламе не должно быть двух падишахов, но могут быть наместники (вали)». Пять муфтиев образуют единый центр.
Следующей важнейшей проблемой стал способ избрания приходами духовенства. В программе либералов, зачитанной Габдуллой Буби, значились три элемента: избрание приходом, экзамен и одобрение Духовным Собранием. Исхаки выступил лишь за избрание имама народом и назначение на должность учителя при прохождении соответствующего экзамена.
Политический