Научная обоснованность экспертного метода имеет существенное значение для его практического применения и подразумевает точность и надежность метода с точки зрения возможности получения с его помощью достоверных результатов. Соответствие метода этому требованию должно содержаться в базовой науке, где он был испытан первоначально. Помимо научной обоснованности возможности применения метода в судебно-экспертной деятельности определяются целым рядом других требований.
Прежде всего, это требование допустимости применения метода в судопроизводстве. Это требование подразумевает соответствие метода букве и духу закона, поскольку прямого ограничения эксперта в выборе методов в законе не имеется, за исключением случаев, когда экспертиза производится в отношении живых лиц. В последней ситуации это ограничение означает, что экспертные методы должны отвечать наряду с конституционным принципом законности, также и нравственным критериям общества, т.е. не ущемлять прав граждан, не унижать их достоинства, исключать угрозу и насилие и не приводить к нарушению норм процессуального права. Так ст. 6 ФЗ ГСЭД гласит, что судебно-экспертная деятельность осуществляется при неуклонном соблюдении равноправия граждан, их конституционных прав на свободу и личную неприкосновенность, достоинство личности, неприкосновенность частной жизни, личную и семейную тайну, защиту чести и доброго имени, а также иных прав и свобод человека и гражданина согласно общепризнанным принципам и нормам международного права и в соответствии с Конституцией Российской Федерации (ч. 1). А в ч. 2 данной статьи указывается, что судебно-экспертные исследования, требующие временного ограничения свободы лица или его личной неприкосновенности, проводятся только на основаниях и в порядке, которые установлены федеральным законом.
Кроме того, допустимость экспертного метода определяется его безопасностью. Так, многие специальные естественно-научные методы для их реализации требуют высокого электрического напряжения, использования вредных для здоровья реактивов или излучений, что выдвигает на первый план при их применении требования соблюдения техники безопасности.
Методы экспертного исследования также должны отвечать требованию сохранения объекта в том виде и состоянии, в котором он поступил на экспертизу. Разрушение, уничтожение объекта разрешается только в крайних случаях по согласованию со следователем (судом), назначившим экспертизу.
Обеспечение сохранности объектов исследования диктуется, прежде всего, тем, что эти объекты, изучаемые при производстве судебных экспертиз и исследований, могут получить статус вещественных доказательств