ЦКЛ стала первым общесоюзным криминалистическим экспертным центром. В ее создание и развитие внесли большой вклад такие ведущие криминалисты, как Н. В. Терзиев, А. И. Винберг, В. Ф. Черваков, Б. И. Шевченко, Б. Л. Зотов, А. А. Эйсман.
Создание криминалистических экспертных лабораторий осуществлялось не только в центре, но и в республиках, областях. В 1939 году криминалистическая лаборатория была создана при НКЮ Азербайджанской ССР в Баку. В 1950–1951 годах такие лаборатории начали функционировать в Казахстане, Узбекистане, Грузии, Латвии, а в последующие годы – в Армении, Литве, Молдавии, Таджикистане, Киргизии, Туркмении, Эстонии.
В 1948 году была организована Ленинградская научно-исследовательская лаборатория, положившая начало созданию сети подобных экспертных учреждений в России. В 1950 году были созданы криминалистические экспертные лаборатории в Саратове, Свердловске, Казани, Ростове-на-Дону, Новосибирске и Хабаровске. В последующие годы такие лаборатории были организованы во многих краевых и областных центрах России – Барнауле, Брянске, Воронеже, Волгограде, Владивостоке, Вологде, Горьком, Грозном, Иркутске, Кемерове, Краснодаре, Красноярске, Куйбышеве, Мурманске, Перми, Тюмени, Челябинске, Уфе и др.
Начиная с 1957 года ряд республиканских лабораторий преобразовывали в НИИ судебных экспертиз. Так, в 1957 году возник НИИСЭ в Алма-Ате, в 1958-м – в Ташкенте, в 1959-м – в Минске, в 1961-м – в Литве и Азербайджане.
Таким образом, к середине 1960-х годов для органов юстиции страны была создана структура региональных научно-исследовательских институтов судебных экспертиз и лабораторий, которая позволила обеспечивать как производство судебных экспертиз, так и развитие их методического обеспечения. Причем в ряде НИИСЭ организовывались лаборатории, в которых стали разрабатываться научные основы новых родов экспертиз. Так, в Ташкентском НИИСЭ начали разрабатывать научные основы экологической экспертизы, в Харьковском НИИСЭ сформировалась научная школа судебного автороведения, в Киевском НИИСЭ активно осуществлялись разработки методик исследования документов. Начиная с 1980-х годов в Азербайджанском НИИСЭ разрабатывались проблемы экспертной профилактики. Институт стал признанным центром разработки этого направления экспертной деятельности.
Обеспечение научно-технического руководства периферийных лабораторий первоначально осуществляла ЦКЛ. 1 октября 1962 года на базе Московской лаборатории судебной экспертизы и ЦКЛ ВИЮН был создан Центральный научно-исследовательский институт