В XVII веке встречались судебно-медицинские экспертизы, связанные с обвинениями во врачебных ошибках, и участие медиков в осмотре мертвых тел. Представляют интерес две экспертизы, произведенные в 1679 году. В первом случае по царскому указу был подвергнут исследованию труп патриаршего конюха для установления причины смерти. Другая экспертиза проводилась для установления причин внезапной смерти боярина Ивана Воротынского. В заключении говорилось: «Отвещеваем: сие злое ничто иное… точию изнеможение сердечное… О причем же, никакому зазору зде быти, ни отравы взятой, ни падучей болезни от основания науки езвестны есмы, на сем посещении и досмотре быв вопрошаеми».
Воинским уставом Петра I (1716) было предписано привлекать лекарей для исследования повреждений на одежде и теле пострадавшего.
Во второй половине XVII века учащаются случаи экспертных исследований различных кореньев, настоек и других веществ на предмет выявления ядов и средств отравления. По существу, это было зарождение судебной токсикологической экспертизы, в основе которой лежал органолептический метод, т. е. определение формы, вкуса, цвета или запаха исследуемого вещества.
В XVII веке в России зарождается судебно-психиатрическая экспертиза. В мае 1679 года врачи Блюментрост и Фугаданов освидетельствовали Петра Бунакова. Они написали в заключении: «Ипохондрика, приходит пар от селезенки и приступает к сердцу и к голове, и от того у него памяти долгое время нет и не узнает людей». В результате освидетельствования они пришли к выводу: «За такими де болезньми ему Петру государевы службы служить не мочно».
При необходимости исследования рукописных документов следовало обращаться к дьякам и подьячим. Одно из первых подобных исследований почерка проводилось в 1508 году по судебному делу о покупке Даниилом и Давидом Кемскими у Федора Кемского «вотчины Кадобое и сельца Гридинское» с деревнями. Когда Федор умер, его жена Анна Кемская отказалась передать купленные деревни покупателям, поэтому те и обратились в суд. В подтверждение состоявшейся сделки они представили купчую, написанную собственноручно Федором Кемским. Защитник интересов Анны Кемской заявил судьям, что «купчая лживая, не княж Федорова рука». Для доказательства этого он предъявил судьям в качестве образца запись, сделанную рукой Федора Кемского. Вызвали для допроса послухов (свидетелей сделки), подписавших купчую. У одного из них оказался документ, составленный Федором. По решению судей было произведено сравнение почерков спорной купчей и представленных рукописных образцов. Отразили это в судебном деле так: «Дмитрей Володимеровичъ купчую грамоту