Ефрем Осипович Мухин – один из виновников раннего поступления Пирогова в университет – теперь тоже стал его учителем. Ефрем Осипович сделал сотни хирургических операций, первые – под Очаковом, на поле битвы. Он добивался в России всеобщего оспопрививания, с утра до ночи трудился в больницах, изобретал новые способы лечения – электрические, гальванические, паровые, заложил основы отечественной травматологии, разработал оригинальные методы вправления вывихов, лечения переломов и иммобилизации конечностей, переводил учебники, сам написал «Начала костоправной науки» и «Руководство по анатомии»; в университете читал анатомию, физиологию и судебную медицину, имел высшую ученую степень доктора медицины и хирургии и возглавлял кафедру анатомии.
В 1816–1817 и 1820–1824 годах Мухин избирался деканом медицинского факультета, что свидетельствовало о его большом авторитете у коллег.
Сочетая обширную практику с университетскими лекциями и руководством факультетом, Мухин стремился поставить российские медицинские учебные заведения на европейский уровень. Он оказывал помощь многим талантливым, но бедным студентам, содержал на свои средства значительное количество врачей, готовившихся к профессуре и к практике в госпиталях. Вникая во все детали учебного процесса, Мухин создавал базу для развития медицинской науки на факультете: составлял проекты реорганизации медицинского факультета, переоборудовал анатомический театр, открыл специальную медицинскую библиотеку, в которой студенты могли ознакомиться с новейшей, в том числе иностранной, литературой по медицине. Понимая необходимость учиться у европейских ученых, Мухин финансировал молодых выпускников, выезжавших за границу.
Свои лекции Ефрем Осипович Мухин вел в виде свободной беседы. Он разбирал функции отдельных органов и тут же высказывал идею целостности организма: «Иные считают, будто болезнь поражает отдельную часть тела. Полагаю, что не так. Все части тела человеческого имеют взаимное между собой сообщение». Повороты в его лекциях бывали иной раз совсем неожиданными. Как-то раз Мухин замолчал, не окончив рассуждения, помедлил и сказал совсем о другом: «Народное здравие немыслимо без хороших жилищ, одежды, питания. Врач, ставящий превыше всего пользу отечеству, должен думать и о сих предметах. Ныне в деревнях неурожай. Голод. Вот и взял я себе задачей отыскать заменители хлебных злаков».
Мудров, Мухин, Лодер… Их именами, по словам Пирогова, мог гордиться Московский университет того времени. Трудами этих ученых, трудами их коллег закладывались основы передовой русской медицины, основы патологической анатомии, физиологии, терапии.
Правда, обучение в университете было очень далеко от практики, о чем Николай Пирогов весьма сожалел. Лодер препарировал трупы, но сам студент Пирогов изучал анатомию по картинкам и не вскрыл ни одного трупа. Мудров ратовал за практику, не уставал говорить о врачебном опыте, но студент Пирогов