Период золотоордынского присутствия на Вологодчине не изучен, хотя известно о прямых контактах князей Белозерских с Золотой Ордой. В постордынскую эпоху (конец XV–XVII вв.) эти земли стали местом ссылки опальных Чингисидов и их семейств.
Одним из таких пунктов был средневековый город Белоозеро (ныне г. Белозерск Вологодской области). Так, в 1480 г. по неясным причинам (вероятно, из-за попытки вести самостоятельную политику) сюда сослали беглого крымского хана Хейдера (Айдера) б. Хаджи-Гирея (правил в Крыму в 1475 г.), который перебрался в Москву в 1479 г. В Белоозере он и скончался после 1487 г.
В 1502 г., после низложения с престола, туда был отправлен казанский хан Абдул-Латиф б. Ибрагим. Он оставался в Белоозере до января 1508 г., когда был освобожден из плена по настоятельному прошению своего отчима крымского хана Менгли-Гирея.
В 1533 г. в Белоозеро за тайные переговоры с Казанью сослали бывшего казанского хана и касимовского султана Шах-Али б. Шейх-Аулиара и его жену Фатиму. Здесь они находились до декабря 1535 г. Их отпустили по просьбе ряда представителей казанской аристократии, желавших видеть в хане возможную альтернативу пришедшему к власти в Казани крымскому царевичу Сафе-Гирею б. Фатих-Гирею.
В период Смутного времени в Кирилло-Белозерский монастырь (в черте современного г. Кириллова, в 36 км от Белоозера) был сослан Симеон Бекбулатович, в прошлом – касимовский хан Саин-Булат б. Бек-Булат, более года просидевший на московском великокняжеском престоле. 29 марта 1606 г. Лжедмитрий I специальной грамотой приказал игумену монастыря постричь бывшего царя Симеона в монахи, что и было сделано 3 апреля. Пострижение приняла и супруга Симеона, урожденная Анастасия Ивановна Мстиславская. По повелению Лжедмитрия I ее вместе с сестрой привезли в Горицкий девичий монастырь на Белоозеро (в с. Горицы современного Кирилловского района Вологодской области). С приходом к власти Василия Шуйского опального инока отправили в Соловецкий монастырь. 25 июня 1612 г. по челобитью Симеона руководители Второго ополчения в Ярославле дали указ о его освобождении из заточения и переводе в Кирилло-Белозерский монастырь. Вероятно, именно здесь он и умер на рубеже 1615–1616 гг.
В XVII в.