Четвёртое основное направление деятельности SOG заключалось в проведении тайных операций на так называемой тропе Хо Ши Мина, которые реализовывались под руководством американских спецназовцев на территории Лаоса57.
Ещё одним важным аспектом деятельности подразделений SOG в период войны во Вьетнаме стало их участие в секретной программе ЦРУ по целевым ликвидациям в рамках операции «Феникс»58, в ходе проведения которой было нейтрализовано 81 740 активистов Народного фронта освобождения Южного Вьетнама, при этом 26 369 из них было убито59.
Несмотря на ряд успешных операций, в конечном итоге SOG не смогла добиться результатов, которые оказали бы значительное влияние на стратегический ход войны во Вьетнаме. Причины этого были различны, но в целом основные из них заключались в отсутствии координации действий между различными правительственными ведомствами США при планировании специальных операций, а также в громоздкой системе их утверждения.
Так, меморандум СНБ № 52 от 9 мая 1961 г.60 демонстрирует решимость Дж. Ф. Кеннеди предотвратить победу коммунистов в Южном Вьетнаме, для чего в силовой инструментарий были включены программы по тайным и психологическим операциям. В период с 1961 по 1963 г. данную программу осуществляло ЦРУ61. Однако акцент ЦРУ был сделан на границах Южного Вьетнама, несмотря на указания Дж. Ф. Кеннеди развивать партизанское движение в Северном Вьетнаме.
Директивы СНБ № 5562, № 5663 и № 5764 отражают недовольство Дж. Ф. Кеннеди «оборонительным» подходом ЦРУ и его решимость к проведению более агрессивных спецопераций против Северного Вьетнама65. Стремясь взять под свой контроль этот вопрос, Министерство обороны США создало группу SOG. Однако большинство офицеров, назначавшихся на должности в данное подразделение в то время, практически не имели опыта проведения специальных операций и ведения нетрадиционной войны.
Вместе с тем система командования над MACV-SOG отражала бюрократическое сопротивление его существованию в среде высшего руководства Вооружёнными силами США. Тот факт, что SOG находилась под командованием полковника, который, как правило, не имел доступа к обсуждению разработки программы проведения специальных операций на более высоком уровне, не позволяло подразделению интегрироваться в общую стратегию США по ведению войны во Вьетнаме. Не имея этого доступа, SOG стала «периферийной» структурой, не оказавшей значимого влияния на ход боевых действий, служба в которой в офицерской среде рассматривалась как простой в карьере. Назначение на должность командира SOG полковника, а не генерала также отражало «предвзятое отношение, существовавшее в Министерстве обороны США к специальным операциям, что создавало значительные препятствия для эффективности