Оккупация Ирака американскими войсками в 2003 г. стала новым этапом в развитии ССО, которые всё чаще привлекались американским командованием для стабилизации обстановки в зоне конфликта. На данной стадии ССО выполняли одну из своих главных функций, а именно проведение контрпартизанских операций в густонаселённых городских условиях Ирака или горной местности Афганистана. Выполнение этой задачи легло на плечи С. Маккристала, возглавившего СКСО в сентябре 2003 года.
В это время СКСО возглавил С. Маккристал – человек, оказавший большое влияние на их развитие. По заявлениям очевидцев, он сумел произвести революцию в тренировочном процессе ССО, модернизировав существующие программы физической подготовки и тактику ночных операций сил специального назначения119.
Как стратег, С. Маккристал стремился использовать опыт колониальных французских властей, полученный ими в борьбе с повстанцами в Алжире в 1950–1960 гг. В частности, С. Маккристал высоко оценивал теорию антипартизанской войны подполковника французской армии Д. Галулы120. Наряду с этим, он организовал для своих подчинённых просмотр художественного, но исторически достоверного фильма «Битва за Алжир» 1966 г., в котором французская армия пыталась сломить партизанское движение в Алжире121, после чего предпринимались «мозговые штурмы» для выявления главных причин поражения Франции в этой войне. По мнению С. Маккристала, главная причина этого заключалась в том, что применяемые к задержанным местным жителям пытки подрывали позиции французской армии тактически и морально. Кроме того, французские солдаты не знали местную культуру и язык. Учитывая французский опыт антипартизанской войны и делая ставку на технологические возможности вооружённых сил США, С. Маккристал уделял основное внимание тщательному сбору разведывательных данных. Работа с полученными в результате перехвата аудиофайлами, видеофайлами, картами, текстами электронных писем и прослушивание телефонных звонков позволяли ССО быстро обнаружить цель и уничтожить её.
Следует сказать, что, как и большинство нововведений, реформы С. Маккристала встретили сопротивление и в вооружённых силах, и в аппарате КСО. Так, С. Маккристал в ходе своей деятельности использовал возможности ЧВК в боевых операциях, чтобы не ждать разрешения Вашингтона на то или иное действие в войне, в которой время имело определяющее значение. Последнее не находило поддержки в военном ведомстве, поскольку получалось, что ЧВК замещали собой армию. Сопротивление оказывалось также и со стороны ЦРУ, в разведывательной поддержке которого нуждались ССО. В частности, в Лэнгли не хотели выводить аналитиков, инженеров-программистов и экспертов по целевым убийствам из-под прямого контроля ЦРУ. Несмотря на это, С. Маккристалу удалось получить