А пока что, после окончания школы в 1933 году, военный летчик Ивашутин был направлен в 455-ю авиационную бригаду Московского военного округа. Службу проходил в 23-й эскадрилье тяжелых бомбардировщиков в качестве летчика-инструктора. Осваивал новую авиационную технику, летал на тяжелых бомбардировщиках ТБ-1, ТБ-2, ТБ-3. В 1936-м, во время полета по маршруту Москва – Серпухов, на бомбардировщике ТБ-3 отказал один двигатель. Жизнь всех членов экипажа, а их было семеро, зависела от мастерства и хладнокровия пилота, и капитан Петр Ивашутин смог посадить самолет на полевой аэродром.
Служба в военной авиации могла стать главным делом жизни Ивашутина – он даже поступил на командный факультет Военно-воздушной академии им. профессора Н. Е. Жуковского, успешно окончил первый курс, но далее продолжить учебу в этом учебном заведении ему не удалось. В январе 1939 года Петр Ивашутин был отобран для прохождения службы в Наркомате внутренних дел.
Вскоре он стал военным контрразведчиком, и в 19391940 годах принимал участие в советско-финляндской войне – начальником особого отдела 23-го стрелкового корпуса. Кстати, тогда Ивашутин лично обратился к секретарю ЦК ВКП(б) А А. Жданову, возглавлявшему Ленинградский обком партии, с просьбой оперативно принять меры по обеспечению разведчиков штаба корпуса всем необходимым для выполнения боевых заданий в тылу противника. Просьба была выполнена.
В мае 1941 года Ивашутин был назначен заместителем начальника 3-го отдела Закавказского военного округа. В Тбилиси он и узнал о начале Великой Отечественной войны. Как контрразведчику, ему пришлось воевать против германских разведчиков и агентов на Крымском и Северо-Кавказском фронтах.
Однажды – это было в 1942-м – Ивашутина с Северного Кавказа вызвали в Москву, к генерал-полковнику Виктору Семеновичу Абакумову, начальнику Управления особых отделов НКВД СССР. Расспрашивая его о положении на фронте, о работе особого отдела 47-й армии, которым тогда руководил Ивашутин, Абакумов мельком поинтересовался, большая ли у него семья. Петр Иванович с горечью ответил, что не знает, так как связь с семьей оборвалась во время эвакуации. Абакумов обещал навести справки, а через сутки вызвал его в свой кабинет и сообщил, что его родственники находятся в Ташкенте и он может туда вылететь.
В столице Узбекистана Ивашутин разыскал своих жену, детей и родителей, которые проживали в глинобитной халупе без окон и отопления. Товарищи из особого отдела Среднеазиатского военного округа помогли: выделили Ивашутиным небольшую комнату.
Когда же он счастливым человеком возвратился в Москву, Абакумов сообщил, что Ивашутин назначен начальником особого отдела Юго-Западного