Целью политики Годунова была стабилизация страны после опричных потрясений. Он сократил налоговое бремя, основал единственный порт допетровской Руси – Архангельск. Во внешней политике действовал расчётливо и решительно: заключив мир со Швецией и Речью Посполитой, Борис обратился к делам на востоке. Началось строительство городов-крепостей на южных и юго-восточных границах страны: Воронежа, Ливен, Ельца, Белгорода, Оскола, Самары, Уфы, Саратова, Царицына. Усиливалось присутствие России в Сибири: была основана её русская столица Тобольск, а к началу XVII в. окончательно разгромлен хан Кучум. После заключения союза с Персией под русское покровительство перешла Большая Ногайская Орда, появилась первая русская крепость на Северном Кавказе. Борис Годунов стал целенаправленно приглашать в Россию иностранных специалистов, послал нескольких дворянских детей учиться за границу, хотел даже основать университет.
Вместе с тем Борис ужесточил политику по отношению к крестьянству: повсеместно запрещался крестьянский выход, а в 1597 г. был установлен пятилетний срок сыска беглых крестьян. Всё это закладывало основу для будущих потрясений.
Кроме того, Годунов чувствовал себя на троне не слишком уверенно и, опасаясь заговоров, поощрял доносы, затевал интриги, прибегал к открытым репрессиям. Однако стремление единолично властвовать не позволило Борису вовремя сделать необходимые уступки социально-политическим интересам различных общественных групп и сословий.
Полоса относительно спокойного развития событий была прервана страшным голодом 1601–1603 гг. Попытки организовать помощь голодающим привели к скоплению в столице огромного количества людей, которые тысячами погибали от голода. Катастрофическое положение заставило царя восстановить Юрьев день для крестьян провинциальных помещиков. Беглые крестьяне и холопы собирались в крупные отряды, против которых приходилось посылать войска. В 1603 г. опять отменили Юрьев день. Колебания и нерешительность властей стали гибельными для новой династии, которая не устраивала все сословия.
В это время в Польше объявился человек, выдававший себя за царевича Дмитрия, якобы спасшегося от рук наёмных убийц. Этим авантюристом, по мнению историков, был Григорий Отрепьев – бывший дворянин на службе бояр Романовых. Польско-литовская шляхта и часть русской знати поддержали самозванца, преследуя свои корыстные интересы. Было собрано войско (вначале 4 тыс. человек, а по мере продвижения по территории России оно значительно возросло)