По требованию потемкинцев командир миноноски лейтенант П. М. Клодт фон Юргенсбург развернул ее кормой к броненосцу, а затем на лодке отправился на «Потемкин».
Лейтенант Клодт, не желая подвергать миноносец обстрелу, отправился на броненосец. Здесь он увидел новоиспеченного командира Алексеева и толпу матросов, которые предложили ему исполнять обязанности старшего офицера. Клодт решительно отказался. Тогда с него сорвали погоны, избили и связали. В версии советских историков эти события были представлены по-иному: дескать, команда миноносца, увидев происходящее на броненосце, сама примкнула к бунтовщикам. На самом деле миноносец был попросту захвачен под прицелом направленных на него орудий броненосца.
После этого с броненосца на миноноску перешли два машиниста, два кочегара, рулевой и еще около десяти вооруженных винтовками матросов. Караул арестовал офицеров и вернулся на броненосец. Но потемкинские машинисты, кочегары и рулевой в дальнейшем почти постоянно находились на борту миноноски, заменив соответствующих специалистов. Вероятно, потемкинцы не доверяли команде миноноски и поэтому держали на ней своих людей, которые не только стояли вахты и наблюдали за настроением команды, но также вели революционную агитацию.
Историк Б. И. Гаврилов пишет: «Восставшие заняли важнейшие посты на корабле в соответствии с заранее намеченным планом (значит, план все же был и мятеж не являлся стихийным!. – В. Ш.). В то время как революционные моряки бросились за оружием, часть команды, более 200 человек, преимущественно новобранцы, в растерянности металась по палубе. Их пытался хоть как-то организовать член одной из революционных групп Я. Л. Горбунов. Командир Е. Н. Голиков, еще на что-то надеясь, приказал офицерам Д. П. Алексееву, Н. Я. Лизинцеву, А. Н. Макарову и Н. С. Ястребцову переписать фамилии не желающих бунтовать новобранцев, которых пытался поднять Горбунов. На миноноску он распорядился передать приказ подойти к “Потемкину”. Но, едва фельдфебель В. И. Михайленко начал передавать это распоряжение, послышался крик: “Кто семафорит, тот будет, как гадина, выброшен за борт!” Б. Н. Голиков рассчитывал бежать на миноноске вместе с офицерами. Но было поздно. Офицеры стали бросаться за борт. За ними последовала часть несознательных матросов.
Пока наверху команда расправлялась с офицерами, кочегары и машинисты под руководством С. А. Денисенко и Е. К. Резниченко, выполняя план восстания, готовили корабль к походу. Машинные кондукторы не оказали восставшим никакого сопротивления. Специально выделенные матросы периодически информировали кочегаров и машинистов о ходе вооруженной борьбы на верхней палубе. Машинисты собирали разобранные накануне машины.
А тем временем старший инженер-механик броненосца