Росийское правительство резонно опасалось, что две моджахедские территории – территория «Талибана» в Афганистане и территория ОТО (объединённой таджикской оппозиции) соединятся между собою, с последствиями непредсказуемыми. Следующим очагом сепаратизма могла бы стать, традиционно религиозная, узбекская Ферганская долина. Правительство Узбекистана поддерживало таджикское, но при этом, на всякий случай, именно тогда и дало указание минировать границу с Таджикистаном. А российская армия, в виде 201-й дивизии, продолжила базироваться в Таджикистане. Российские пограничники охраняли границу Таджикистана и Афганистана весь период с 1992 по 2005-й примерно год, и только около 2005 постепенно выдвинулись домой, уступив пограндежурство своим таджикским коллегам.
Территория, подконтрольная оппозиции, и правительственная территория, не имели ярко размеченной границы. Просто прекращались дорожные посты оппозиционеров и начинались посты правительственные, причём на правительственной территории документ проверяли чаще, и приставали назойливей. В некоторых городах присутствовали и сторонники правительства, и оппозиционеры, собирались на митинги и критиковали, а иногда и убивали друг друга. В войне погибло, по разным данным, 60—100 тысяч человек.
Деньги и там, и там, использовались одни и те же – таджикские рубли, похожие на советские (только размером поменьше). С одной территории в другую, во времена затишья, время от времени ездили местные жители – к родственникам, на базар. Но крупные партии грузов водители не везли через территорию «самоуправления» – боялись. Перебои с хлебом (мука здесь привозная) были частыми в городах, а раздобыть мешок муки считалось настоящим счастьем.
Очень трудно пришлось жителям Памира в это время. Высокогорный Памир, всегда в советские годы имевший хорошее «центральное» снабжение, вдруг лишился всего в одночасье. Магазины опустели, денег тоже не стало, товары почти перестали приходить, электричество иссякло – топливо для генераторов доставлялось машинами в советское время, а сейчас перестало. Пришлось возвращаться к натуральному хозяйству столетней давности, от чего памирцы, разумеется, давно отвыкли. Фрукты и овощи на Памире не растут – слишком высоко и холодно, а скота, что осталось от колхозов, явно не хватало, чтобы прокормить 200 тыс. памирцев – да и из оставшегося скота часть зарезали с голодухи, а часть перегнали в обмен на пакистанские товары в соседний Афганистан. А ещё на Памире 7 месяцев в году – зима, когда вообще жить без еды и электричества и топлива невозможно.
Памирцы могли бы и впрямь поумирать с голоду, но им пришёл на помощь фонд Ага-Хана (о котором будет ещё сказано в статье, посвящённой Памиру). Десять лет подряд из фонда Ага-Хана каждой памирской семье выделялся мешок муки и жестянка растительного масла в месяц. Доставляли