Ранняя история храма довольно туманна. Из летописи известно, что в 1518 году в Москву принесли из Владимира две местные святыни – образ Спасителя и Владимирскую икону Божией Матери – для поновления и украшения серебром и золотом.
Через год, в праздник святого Никиты Мученика, поновленные иконы провожали обратно во Владимир торжественным крестным ходом.
За посадом великий князь и митрополит Варлаам простились с ними и передали владимирцам, пришедшим в Москву за своими святынями. И на том месте, где Василий III простился с владимирскими иконами, он повелел поставить деревянную Владимирскую церковь «во имя Пречистыя Владычицы нашея Богородицы, честнаго и славнаго Ея сретения и провожания». И молился, чтобы она защитила Москву от набегов крымского хана.
По второй версии, в период, когда владимирские святыни находились в Москве, на территории Басманной, иждивением великого князя строили деревянную приходскую церковь для местной слободки.
В тот день, когда провожали иконы, церковь собирались освящать. Чтобы совместить два торжества – проводы икон и освящение церкви, крестный ход отклонился от обычного маршрута и направился к храму, где и были отпущены иконы. Церковь была освящена в честь Владимирского образа Богородицы, а поскольку все это произошло 15 сентября, то позднее, в XVII веке, в храме освятили придел во имя великомученика Никиты. И крестный ход в память тех проводов с участием царя и патриарха совершался в эту церковь до 1683 года.
Кстати, именно в этих местах в декабре 1469 года родился святой Василий Блаженный. В то время Владимирской церкви еще не было. Родители отдали его в ученики соседу-сапожнику, но он уже имел дар провидения.
Однажды к его хозяину пришел человек и заказал сапоги покрепче, чтобы годами носились. Ученик вдруг улыбнулся, и, когда заказчик ушел, сапожник спросил, почему он улыбается. Василий ответил: «Вот человек собирается носить сапоги годами, а не ведает, что завтра умрет». И действительно, на следующий день заказчик умер.
В церкви Никиты Мученика до начала XX века хранился знаменитый образ святого на фоне Кремля, напоминающий, что «близ сей церкви была родина великого угодника».
В XVI веке здесь появилась Басманная слобода. Ее приходским храмом и была Владимирская церковь. По легенде, местность названа по фамилии любимца Ивана Грозного опричника Басманова, будто бы здесь он имел свой дом, но это оказалось ошибкой. Есть версия, что здесь жили царские пекари, которые выпекали для царского и патриаршего двора «басманы» – мерный хлеб строго определенного размера или же с фигурами на верхней корочке, то есть с дворцовым клеймом – басманом.
К этой версии склонялся и Владимир Даль.
Вторая версия, ныне более принятая, гласит, что басманниками были ремесленники, занимавшиеся художественным тиснением