Спустя 3000 лет после постройки гробниц в долину Бойн пришли кельты. К этому времени Ньюгрейндж, Даут и Наут, вероятно, уже выглядели как огромные естественные холмы, и неудивительно, что кельтские вожди избрали самую большую из гробниц – Наут – в качестве места для строительства замка. С вершины этой «пирамиды» можно было оглядывать окрестности на много верст вокруг. Чтобы лучше укрепить замок, кельты окружили его двумя концентрическими рвами и валом, для чего им пришлось разрушить входы в гробницу, так что мы уже никогда не узнаем, как они выглядели. Но мы знаем, что кельты все же проникли внутрь гробницы – об этом свидетельствуют надписи на стенах коридоров, сделанные так называемым огамическим письмом, которым пользовались древние кельты. Новые хозяева долины Бойн также оставили здесь свои погребения – всего их известно 35. Одно из них особенно любопытно: археологи обнаружили в нем останки двух юношей, похороненных вместе с набором игральных костей. Что это – могила азартных игроков, казненных в назидание другим, или двух друзей, которым близкие положили в могилу кости, чтобы они могли играть в свою любимую игру и в загробной жизни?
Новый этап истории долины Бойн приходится на VIII–XII в. н. э. К этому времени многие небольшие гробницы эпохи неолита уже исчезли без следа. Часть из них была пущена на строительный материал для новых построек. В этот период замок на вершине Наута перешел во владение клана О’Нил и стал столицей одного из 120 королевств Ирландии. Один из первых правителей этого королевства носил имя Конгаллах Кногбха. Это имя происходит от древнего названия Наута – Кногбха, или Кнок Буа, что в переводе с гэльского (кельтского) языка означает «холм Буа». В этом названии некоторые исследователи видят указание на некоего Буа – древнего героя или божества, с которым, возможно, связана гробница Наут.
В эпоху раннего Средневековья люди боялись входить в таинственные коридоры гробниц Бру-на-Бойн. Они были убеждены, что эти коридоры ведут в подземный мир, туда, где обитает загадочный народ Туату де Даннан – мифическая раса сверхъестественных людей, ушедших под землю с приходом кельтов. Однако археологи нашли на стенах коридоров процарапанные чем-то острым надписи VIII–IX вв., в которых упоминаются имена неких Конана, Теймтеннаха и Снедгеса. Эти смельчаки, очевидно, презрели опасности, угрожавшие им со стороны страшных подземных жителей, и попытались все же проникнуть в тайны гробниц.
Последняя фаза истории Бру-на-Бойн связана с норманнами. Они пришли в Ирландию из Англии в 1169 г., но только в 1175 г.