Вскоре после рождественских праздников Ухтомский тяжело заболел, выздоравливал долго, с трудом, а потом не мог выехать из-за развала транспорта и застрял в Рыбинске до поздней осени. Из-за этого стал свидетелем кровавой драмы, разыгравшейся в начале июля, когда вспыхнул и тотчас был подавлен военный мятеж Бориса Савинкова – бывшего эсера-боевика, главы подпольной организации «Союз защиты родины и свободы». По плану восстание должно было начаться одновременно в Ярославле, Рыбинске и Муроме, но главную ставку Савинков делал на Рыбинск, где концентрировалась артиллерия и были склады боеприпасов. Савинков планировал захватить этот арсенал и перебросить его в Ярославль – на подмогу тамошнему восстанию.
Мятеж в Рыбинске был поднят в ночь на 8 июля и в ту же ночь был подавлен. Началась вакханалия расправ с правыми и виноватыми. Из-за «разногласий» между руководством местной ЧК и командованием красноармейского гарнизона были расстреляны и некоторые ведущие чекисты.
Добравшись до Петрограда осенью 1918 года, Алексей Алексеевич попал в вымирающий город. Перенеся столицу в Москву, большевики оставили «колыбель революции» на произвол судьбы и распоясавшихся чекистов. Академик И. П. Павлов обратился к властям за разрешением отбыть заграницу в виду невозможности продолжать научную деятельность на родине. Большевистские главари стремились избавиться от всех недовольных «пролетарской» властью; тех, кого, по той или иной причине неудобно было расстрелять или засадить в тюрьму, насильственно высылали из страны. Поначалу они предлагали уехать и Павлову, но затем Ильич посчитал невыгодным отпускать такую «культурную ценность». Он распорядился создать лично для Павлова особо благоприятные условия жизни и работы. Об этом ученому сообщил управляющий делами совнаркома В. Д. Бонч-Бруевич. Согласиться на привилегию для себя при тех ужасах, что творились вокруг, Павлов считал аморальным. В ответном письме он писал:
«Вот обстановка, вот атмосфера, в которой я живу теперь. Возьмем район дома, где имею квартиру, дома Академии Наук. В этом доме в течение года умерли два товарища-академика, еще далеко не старые люди, от болезней, приведших к смерти, несомненно, на почве истощения. А вот что сейчас в этом доме. <…> Жена академика У., 2–3 месяца назад, чрезвычайно исхудалая, в страхе обращается ко мне, как все же доктору, хоть и теоретическому, с жалобой, что у нее неожиданно появилась опухоль и быстро выросла. Из расспросов догадываюсь, что это должно быть грыжа. Переговариваюсь по телефону с товарищем по Медицинской Академии, хирургом. Тот говорит, что это теперь обычная вещь при крайнем исхудании и что всего лучше оперироваться. Жена академика Л. (пролежавшего в больнице прошлый год с отеками вследствие плохого питания и слабости сердца, ранее здорового) приходит, месяц тому назад, с просьбой рекомендовать глазного доктора: в затемненных местах днем и в сумерках ничего не видит. Переговариваю об этом в лаборатории с докторами и