Ночью началась операция по извлечению тел погибших подводников из отсеков подводной лодки. Как водится, больших начальников при этом не было. На стапель-палубе «Коммуны» присутствовали лишь экипаж спасателя, командование дивизиона спасательных судов и врачи. Доставать подводников предстояло водолазам. Для помощи им и погрузки тел на носилки были выделены матросы подводной лодки той же бригады М-239. Каждому из водолазов, кому предстояло спускаться в лодку, налили для поддержки духа по стакану разведенного спирта. Затем они надели легководолазные маски. При свете прожекторов отдраили люки. Вначале люк в центральный пост, а затем и в первый отсек. Наконец водолазы скрылись в чреве мертвой субмарины…
Вспоминает бывший командир подводной лодки М-200 капитан 1-го ранга Б.И. Родионов: «По приказу комбрига я выехал из Палдиски в Таллин. Я просил это сделать 25 ноября, когда еще были шансы спасти часть экипажа, но тщетно, ведь я лучше всех знал свой экипаж и теперь должен был опознать погибших ребят. Стоял я на палубе “Коммуны” недалеко от лодки. Водолазы по одному выносили погибших и укладывали рядом со мной на носилки. Кого можно было узнать, я называл. Тех ребят, кто погиб в масках, узнать было нетрудно. Они были словно живые, только, казалось, спят. У тех же, кто перед смертью маски срывал, лица были страшно и непропорционально раздуты, и опознать их было очень трудно. Смотреть на них было и страшно, и больно. Штурмана Мишу Низковских я опознал только по его рубашке. Когда всех достали и погрузили на машины, поехали в морг. Я пробыл там на всей процедуре вскрытия. Помню, что одновременно врачи работали на трех-четырех столах, ярко светили лампы. Врачи ловко вскрывали грудные клетки, выворачивали наружу ребра… Зрелище не для слабонервных. События той страшной ночи даже теперь, по прошествии стольких лет, я вспоминаю как сплошной кошмар».
А через пару дней состоялись похороны погибших. Траурный митинг проходил в гарнизонном матросском клубе, переоборудованном из бывшей церкви. Прощаться с экипажем М-200 пришел весь городок. Старшими из начальников присутствовали командующий Восточно-Балтийской флотилией вице-адмирал Чероков и член военного света контр-адмирал Сливин. Гремел оркестр. Было море цветов. Прибыли на похороны и родственники погибших, те, кто смог успеть приехать. Место для могилы было выбрано на высоком холме, неподалеку от пирса, откуда открывался вид на море, которому они служили, море, которое забрало их молодые жизни… В братской могиле не похоронили лишь тех, которых не нашли. И капитана 2-го ранга Штыкова, тело которого жена увезла в Ленинград.
Вспоминает бывший флагманский связист бригады капитан 1-го ранга в отставке Г.А. Енгалычев: «Похороны были очень тяжелыми. Плакали, не стесняясь своих слез. На траурном митинге один из отцов