15 мая лодки начали движение в Молотовск, куда благополучно прибыли 28 мая. На этом этапе переходом командовал генерал-майор интендантской службы А.И.Лебедев.
28 мая 1943 года М-200 вошла в состав Северного флота. 2 июня командиром лодки назначен капитан-лейтенант Шматов Павел Семенович.
12 сентября 1943 года командиром М-200 назначен капитан 3-го ранга Тураев Василий Андрианович. 19 октября «Месть» прибыла в Полярное и уже в декабре 1943 года совершила свой первый боевой поход, который не принес результатов. Под командованием Тураева «Месть» выходила на позицию еще два раза, но и эти походы не записали на счет лодки ни одного вражеского транспорта.
12 марта 1944 года командиром М-200 назначен старший лейтенант (впоследствии капитан-лейтенант) Глазков Владимир Львович. Под его командованием «Месть» совершила два безрезультатных боевых похода. В некоторых источниках указывается, что 22 июня 1944 года «Месть» провела удачную атаку по конвою противника, но в этот день М-200 уже находилась на базе.
11 июля 1944 года «Месть» вновь вышла на позицию в район Перс-Фьорда, где 15 июля двумя торпедами атаковала конвой противника. Данных, подтверждающих победу лодки со стороны противника, нет, хотя во многих советских послевоенных источниках указывается, что в этот день М-200 отправила на дно два вражеских транспорта.
По возвращении из похода лодку начали готовить к переходу на Балтику. Через два месяца «Месть» погрузили на транспортер и отправили в Ленинград.
Из воспоминаний служившего в годы войны на М-200 старшины 1-й статьи в отставке Виктора Илларионовича Санникова: «Второй боевой поход был тяжелым. Вышли из базы. Пришли в свой квадрат. Вскоре обнаружили фашистский конвой. Командир вышел в атаку со стороны берега. Судно было мористее нас. Едва выстрелили и услышали взрыв, как нас стали атаковать противолодочные корабли. Лодка буквально тряслась от разрывов глубинных бомб. Вначале разрывы были далеко от нас, но затем становились все ближе и ближе. Но тут налетела наша авиация и отогнала немцев. Только тогда мы вздохнули свободно. В Полярном на причале нас встречали комбриг Колышкин и оркестр. За этот поход меня наградили орденом Красной Звезды. Затем нам объявили, что в море мы больше ходить не будем и подлодку переводят на Балтику. Мы стали разоружаться. На подводной лодке срезали ограждение рубки. Потом два месяца ждали специальную платформу. Когда, наконец, она пришла, погрузили на нее корпус подводной лодки. Сзади прицепили теплушку для экипажа, и мы поехали служить на Балтику. Прибыли в Ленинград. Лодку перегрузили на стапель. Снова приварили легкий корпус рубки. Стали готовить корабль к спуску на воду. Но повоевать на Балтийском море уже не довелось. Пока вводились в строй, война закончилась.