В августе Иван Колос был направлен в Вольское пехотное училище, после окончания которого в мае 1942 года он был назначен начальником штаба стрелкового батальона 107‑го стрелкового полка 38‑й армии Юго-Западного фронта. В ходе неудачного наступления Красной армии под Харьковом («Харьковская катастрофа») в мае – июне 1942 года батальон попал в окружение и почти весь погиб.
Чудом выживший Иван Колос пробрался через оккупированную территорию в родное село, где 12 ноября 1942 года создал партизанский отряд им. М.И. Кутузова и стал его командиром, лично участвовал в боях против немецких оккупантов. За время его командования были подорваны один воинский эшелон, 32 автомашины противника с живой силой, на реке Припять были уничтожены четыре моторных лодки с немцами. 1 марта 1943 года Колос становится командиром Лельчицкой партизанской бригады, о чём имеется справка бывшего командира соединения партизанских отрядов Полесской области, секретаря Полесского подпольного обкома КП(б) Белоруссии Ивана Дмитриевича Ветрова, который перед войной был прокурором Белорусской ССР. Это же подтверждает и Зорина-Колос. «Уже в апреле 1943 года, – пишет она, – действовала Лельчицкая партизанская бригада», которая насчитывала 700 человек. В декабре 1943 года бригада соединилась с наступающими частями Красной армии.
Как говорится в справке от 26 февраля 1944 года, Иван Колос «по личной его просьбе был отпущен в Соединение Сабурова с 29.09.43 г. по 28.10.43 г. С 28.10.43 г. по 16 декабря 1943 г. по возвращении в бригаду был назначен командиром п/о им. Калинина Лельчицкой п/бригады. В списках не был учтён, так как на день составления списков отсутствовал и находился в Соединении Сабурова». Справка подписана начальником штаба партизанского соединения Южно-Припятской зоны (Полесская область) Григорием Степановичем Авдейчуком.
Однако Зорина-Колос указывает, что «с ноября 1943 года И. Колос выполняет задания советского командования в тылу врага: в районах Мозыря, Ельска, Пинска, Ивенецко-Налибокской пущи, Барановичи, Молодечно, Лида, Слоним». Отсюда следует заключить, что справка Авдейчука с резолюцией «В личное дело Колоса», как и справка Ветрова, являются легендой. В действительности же в мае 1943 года, после установления постоянной связи с Центральным штабом партизанского движения, Иван Колос был передан в подчинение Разведывательного управления Генштаба и переориентирован на разведывательно-диверсионную работу.
Осенью 1943 года Колос был отозван в Москву и после короткой подготовки заброшен во главе разведгруппы в немецкий тыл в район Мозыря – центр Полесской области Белоруссии. Там он добывал информацию о передвижении противника и его оборонительных укреплениях в интересах разведотдела штаба 1‑го Белорусского фронта.
«В феврале 1944 года фронт приблизился к районам Полесья, с группой военных разведчиков меня срочно вызвали в Москву с отчетом о работе, – пишет сам Иван Андреевич