Дважды во время службы (в общей сложности почти десять месяцев) командование доверяет ему исполнять обязанности делопроизводителя в святая святых военного ведомства – батарейной канцелярии. 22-летний офицер, практически юноша, допускался к совокупной, а потому особо секретной, информации о боевой части, ее личном и офицерском составе, служебных и личностных тайнах своих сослуживцев. Не тогда ли его командиры, доверяя ему этот специфический род служебной деятельности, уже уловили в нем качество, обязательное для будущего разведчика, – много знать, но мало говорить. Это называется еще человеческой и офицерской надежностью.
Служба требовала от молодого командира полной отдачи. Он решил навсегда связать свою жизнь с армией и знал, что дальше его путь непременно пройдет через учебу в академии.
В октябре 1896 г. поручик Н. С. Батюшин зачислен в Николаевскую академию Генерального штаба, ровно через два года учебы переведен на дополнительный курс академии, который «…окончил успешно и за отличные успехи в науках произведен в штабс-капитаны».
Летом 1899 г., после успешного завершения учебы, откомандирован по старому месту службы (в Виленский военный округ), но с существенным добавлением в офицерском аттестате: «.Для ближайшего ознакомления со службой Генерального штаба» в масштабах округа. Перед офицером, которому пошел всего-навсего 26-й год, но имевшим самое лучшее по тем временам военное образование, открывались новые горизонты. Как ими воспользуется Батюшин? Как проявит себя этот явно честолюбивый офицер? Ответы на эти вопросы не заставили себя долго ждать.
1 июля 1899 г., сразу по прибытии в Вильно, штабс-капитан оказался сначала на дивизионном лагерном сборе 2-й кавалерийской дивизии, дислоцированной в округе, потом в общем сборе и, наконец, в корпусном кавалерийском сборе. Срок трехчастных учений затянулся почти на два с половиной месяца – с 5 июля по 14 сентября.
На этих сборах свежеиспеченному выпускнику академии поручили сначала выполнять обязанности старшего адъютанта и начальника штаба, а затем обязанности и поручения по службе офицера Генерального штаба. Какую оценку получил вчерашний выпускник академии на новом поприще? Временный командующий 2-й кавалерийской дивизией генерал-майор Трегубов в «…аттестации о служебной деятельности причисленного к Генеральному штабу штабс-капитана Батюшина за время участия его в лагерном сборе», заполняя соответствующие графы стандартного итогового аттестационного документа, написал ответ, теперь особо ценный для биографов Батюшина.
На вопрос о том, насколько успешно выполнял обязанности и поручения выпускник академии, генерал собственноручно