В «жалованной грамоте» императора Александра I не упоминалось уже о какой-либо «особе», контролирующей войско. В ней подтверждались права Черноморского войска на «вечное и неотъемлемое владение» пожалованными ему землями со всеми состоящими на земле угодьями, «на водах же с рыбными ловлями», а также и другие права войска материального порядка, но никакого намека на автономные права в войсковом управлении в грамоте нет, сказано просто: «Войско Черноморское получает от нас повеление через военное начальство, как об устройстве оного, так и о нарядах на службу, которые обязано пополнять с точностью и поспешностью…», «по делам войсковым должно оно (войско) зависеть от инспектора крымской инспекции, а по части гражданской состоять в ведомстве таврического губернского начальства».
В дальнейшем вся первая половина XIX века для казаков Черноморского войска прошла в большом военном напряжении. Уже по указу 13 ноября 1802 года они должны были выставлять 10 конных и 10 пеших полков. Кордонная боевая служба тоже требовала большого напряжения. Смертность от болезней и военных потерь катастрофически уменьшала общее количество войскового населения. Естественный прирост его не давал нужных пополнений. Установилось обыкновение со стороны войскового правительства просить о пополнении в порядке переселения с украинских губерний. В период 1809–1811 годов в Черноморию было переселено из Полтавской и Черниговской губерний 41 534 человек, из коих мужчин 22 205. В 1821–1825 годах из тех же губерний еще 48 627 человек, из них 25 627 мужчин. Но в Турецкую войну 1828–1829 годов были мобилизованы даже престарелые казаки. В результате в куренных селениях остались только женщины и дети. В 1848–1849 годах на пополнение Черноморского войска было произведено новое переселение, недостаточное по моменту, всего 14 227 душ, из них мужчин – 7767, тоже с Украины, из губерний Харьковской. Черниговской и Полтавской.
Во время Крымской кампании от черноморцев в Севастопольской обороне принимали участие два пластунских батальона, покрывших себя славой в боях на 4-м бастионе, и еще сводный конный полк.
Таким образом, всегда в военном напряжении до предела, с большими потерями в людях, при отсутствии времени заняться благоустройством семейно-хозяйственной жизни, прошли для черноморцев годы конца XVIII и первой половины XIX веков.
В то время как черноморцы, начиная с 1793–1794 годов, стали «держать кордонную линию» по нижнему течению реки Кубани до устья реки Лабы, для охраны границы вверх по Кубани были предназначены распоряжением