Австриец Михаил Шиль пишет, что взяв слово после сестры, Борис заявил, что берет на себя управление государством, а князья и бояре будут ему помощниками.
На 9-й день после смерти мужа, 15 января, Ирина удалилась в Новодевичий монастырь и постриглась там, приняв имя инокини Александры – и таким образом освободив дорогу брату:
«…Ирина Федоровна всеа Руси после государя своего царя и великого князя Федора Ивановича всеа Руси, оставя Российское царство Московское, и поехала с Москвы в Новодевичей манастырь». (Вплоть до избрания Бориса царём боярская дума издавала указы от имени «царицы Александры». )
Хотя сама она «с погребения не ходя во свои царские хоромы, повеле себя <…> отвести простым обычаем в пречестный монастырь <…> еже зовется Новый девич монастырь», где ее постригли и нарекли «во иноцех имя ей Александра, и пребываша она в келий своей от пострижения до преставления своего, окроме церкви божий нигде не хождаше».
Так что перед избранием нового царя шествие просителей от населения отправилось не в Кремль, а к Новодевичьему монастырю, где находился Борис, сопровождавший Ирину; там толпа убеждала его принять корону, он же отказывался.
Зато Ирина перед выборами немало сделала для воцарения брата: вела задушевные беседы с духовенством, боярами, купечеством, простолюдинами. Царицу-монахиню любили и к ее словам охотно прислушивались, но…
Есть свидетельства о том, что Годуновы нередко прибегали к подкупу. Так, Ирина хорошо понимала, что куда подается большинство, туда потянутся и остальные… Большими подарками она тайно склонила полковников и капитанов, чтобы они уговорили подчиненных себе воинов подавать голоса в пользу брата.
Ирина благословила брата на царство 21 февраля 1598 г. Земский собор 27 февраля 1598 года избрал Бориса царем. Гениальная сцена из пьесы Пушкина – почти полный вымысел, все было гораздо сложнее. Хотя бы потому, что простой народ не любил Годунова за то же, за что не любили бояре – недостаточную древность и знатность рода.
В монастыре вдовствующая царица прожила пять лет и скончалась 29 октября 1603 года. Похоронили Ирину Годунову как и всех цариц, в Вознесенском монастыре московского Кремля.
В 1929—1931 гг. захоронения были разорены при его уничтожении, силами сотрудников перенесены в Архангельский собор, а затем в подземную палату рядом с ним.
«На старых планах Вознесенского собора и его некрополя погребение царицы Ирины отмечено номером 16 в юго-западном углу храма. Над её могилой размещался памятник, аналогичный тем, что и сегодня можно увидеть в мужском храме-усыпальнице, в Архангельском соборе Кремля – некрополе русских великих князей и царей. Ирину Федоровну похоронили в белокаменном, изготовленном из монолита