Несмотря на небольшие размеры империи, число провинций увеличивалось. Большие провинции неоднократно подвергались делению, чтобы их правители были слишком слабы и не могли восстать против императора. В 1198 г. в списке привилегий, дарованных Алексеем III венецианцам, значились более восьмидесяти пунктов и районов, хотя в их число не входило побережье Черного моря. Родственники императора и члены семей крупных землевладельцев часто правили этими районами, сочетая должность анаграфея (налогового оценщика) с должностью правителя. Такие чиновники использовали свою должность для наполнения собственных карманов, к огромному несчастью для своих подданных. Недовольство, враждебность и неповиновение были характерны для жителей провинций, которые видели, что их правители игнорируют реформы, начатые в Константинополе. Местничество этих крупных магнатов приводило к тому, что столица лишалась лояльности провинций.
В XII в. византийская церковь была ветвью власти. Патриарх Константинопольский, назначенный императором, мог быть смещен под любым предлогом; митрополиты (архиепископы) и епископы также находились под контролем государства. Император имел право выражать официальное мнение по положениям вероучения, но лишь с согласия епископального синода. Неоднократно происходили конфликты, и правитель обычно навязывал свою волю. Монастыри, освобожденные от большей части общественных нагрузок, постоянно стремились к большей свободе, но ввиду военной необходимости императоры иногда урезали их привилегии. Некоторые монастыри, носившие название «свободных», не контролировались самой церковью, а находились под прямой юрисдикцией императора. Монахи имели большое влияние на простых людей, а в мирскую