Обыск Шуйского в Угличе должен был подготовить государственный процесс, так как речь явно шла о государственной измене, следовательно, дело должно было проходить через московский Судебный приказ. В «государевом розыске» обвинителем выступало само государство, и оно же изыскивало доказательства виновности обвиняемых с помощью допросов, пыток и очных ставок. Как представитель государства, Шуйский собирал показания на «лихих людей» – эта средневековая «статья» уголовного права была крайне жестокой. «Лихим» человек объявлялся исключительно на основании общественного мнения и по крестному целованию (клятве) 15—20 «добрых» крестьян или 10—15 «детей боярских» без приведения каких-либо доказательств. Облихование, т.е. процедура обвинения оговоренного, давало возможность не расследовать конкретные преступления, а казнить на основании этого общего мнения. Облихованный подлежал во время розыска обязательной пытке. Если обвиняемый сознавался, и его показания совпадали с повальным обыском, то его подвергали смертной казни. Если же пытаемый не признавался, то его подвергали пожизненному заключению с обязательным возмещением материального ущерба по иску.
Василий Иванович Шуйский (1552 – 12.08.1612). Портрет из «Царского титулярника» 1672 г.73
19 мая началось дознание. Оно шло с размахом и вполне обстоятельно – было допрошено 140 человек, мирно и без насилия. Нагие лгали и изворачивались на допросах, пытаясь себя выгородить и обелить в деле о резне в Угличе, но запущенный маховик бунтов в Москве уже остановить было невозможно. И они прекрасно знали, что заказчики «банкета» рано или поздно будут раскрыты.
Расследование всё же имело ряд странностей: в следственном деле мы не находим самых главных показаний – самой Марии Нагой, хотя именно её и должны были в первую очередь допрашивать. Все братья Нагие были тщательно «испрошены» в отличие от сестры. Ссылка на то, что она была царицей и потому избежала дознания, не представляется весомой: она не считалась законной женой,