Академию Котов закончил в 50 году с Золотой медалью, первым в выпуске. Одновременно с обучением в Академии он посещал несколько специальных курсов на мехмате МГУ, которые вел крупнейший советский математик академик Колмогоров.
Затем в Артиллерийской Академии возглавил отдел электронно-вычислительных машин (ЭВМ), где на созданных под его руководством первых ламповых ЭВМ занимался расчетом траекторий баллистических ракет. По этой же теме в 52 году защитил кандидатскую диссертацию и преподавал в Академии курсы по ЭВМ и по программированию.
В это время ЦК КПСС в прессе и на радио вел жестокую идеологическую борьбу с низкопоклонством перед Западом, с буржуазным космополитизмом, с генетикой – продажной девкой империализма и с буржуазной лженаукой – кибернетикой. Генетику и кибернетику замшелые идеологи из ЦК КПСС считали противоречащими марксистско-ленинской философии. Ученых генетиков, даже, репрессировали, вплоть до высшей меры. А кибернетику просто запрещали.
Никаких сомнений в истинности марксистко-ленинской философии и непогрешимости руководства партии у Котова тогда не возникало. Однако, кибернетика его заинтересовала. Он сумел получить допуск в спецхран Министерства обороны, где прочитал в подлиннике книгу Норберта Винера «Кибернетика», бывшую тогда под строжайшим запретом. Книга о сложных самоуправляемых системах, действующих на основе обратных информационных связей, произвела на ученого глубокое впечатление. Он понял, что ЭВМ это не только большой калькулятор для решения математических задач, но и, потенциально, «мозг» автоматизированной системы управления.
Котов, заручившись поддержкой выдающихся советских математиков Соболева и Ляпунова начал борьбу за «реабилитацию» кибернетики. После смерти Сталина в 53 году идеологический прессинг на ученых ослаб, и Котов начал ездить с докладом «Основные черты кибернетики» по ведущим оборонным и академическим НИИ. И, наконец, с санкции Идеологического отдела ЦК доклад за подписями Котова, Ляпунова и Соболева был опубликован в журнале «Вопросы философии». «Табу» с кибернетики было снято.
В 54 году Котов возглавил вычислительный центр (ВЦ) министерства обороны СССР. Ему удалось привлечь к работе в нем многих сильных математиков и программистов. В этом ВЦ в 58 году была разработана и построена самая мощная на тот момент в мире ЭВМ «М-100» с быстродействием 100 000 операций в секунду. ЭВМ работала на электронных лампах, имела оперативную память на ферритовых кольцах. Под