Во время обучения в Академии Лавр Георгиевич познакомился с Таисией Владимировной Марковиной и в 1896 году женился на ней, а еще годом позже у них родилась дочь Наталья.
Корнилов окончил Академию в 1897 году с малой серебряной медалью и с занесением имени выпускника на мраморную доску в конференц-зале Академии – подобной чести удостаивались немногие. Верный себе Корнилов вновь отказался от службы в столице – его опять ждал Туркестанский военный округ, где для офицера Генерального штаба был поистине непочатый край работы. Именно тут, на стыке сфер влияния России и Великобритании, на территориях Памира, Тибета, Ирана и Афганистана, шла столь метко названная Киплингом Большой игрой борьба двух империй не на жизнь, а на смерть за важнейшие для них территории, государства и области Азии.
Большая игра выливалась в самые различные формы военно-политического давления империй друг на друга. Участниками Большой игры были и губернаторы, и главнокомандующие, и дипломаты, и разведчики, и промышленники, и агенты, но, пожалуй, одними из самых важных действующих лиц этой игры были путешественники-географы, без тяжелой, опасной и неприметной работы которых Большая игра была бы невозможна. Территории, разделявшие русский Туркестан и южные провинции британской Индии, на карте в то время выглядели как одно огромное белое пятно. Это пятно благодаря усилиям таких людей, как Пржевальский или Семенов-Тянь-Шаньский, неизменно и постоянно сужалось, но к моменту возвращения Корнилова из Академии в Туркестан все равно оставалось более чем значительным. Без постоянной работы географических экспедиций Большая игра была невозможна, и Корнилов, знавший ряд местных диалектов и обладавший опытом местной жизни, очень быстро стал ее участником. По прибытии в Ташкент, где находился штаб Туркестанского военного округа, Лавр Георгиевич был назначен помощником старшего адъютанта округа, однако занимал эту должность исключительно номинально, ибо в действительности выполнял задачи, принесшие его имени огромную известность.
К востоку от южной части русского Туркестана лежал принадлежащий так называемый Восточный Туркестан, делящийся на две части – северную (Джунгария) и южную