Первая волна разрушений в Ханаане относится ко второй половине XIII века до н. э. и, возможно, связана с походом фараона Мернептаха (ок.1213–1203 до н. э.). Поселения вновь были разрушены в период с начала и до середины XII века до н. э., скорее всего, из-за нашествия «народов моря» и вторжения израильтян. Упадок последних египетских и ханаанских укрепленных городов, очевидно, были связаны с концом египетского влияния в Ханаане.
С начала XII века до н. э. этническая картина и материальная культура в Ханаане значительно меняется. Система городов-государств, между которыми хозяйничали кочевые и полукочевые племена, сменилась этнополитической структурой, при которой отдельные районы были заселены различными народами. В западном Ханаане поселились израильтяне, филистимляне и родственным им «народы моря». В Заиорданье израильтяне соседствовали с эдомитянами, моавитянами, аммонитянами и арамеями.
В некоторых случаях, но не всегда современные археологи находят подтверждение фактов, упомянутые в Пятикнижии. Как мы уже говорили, история о пророке Валааме из Книги Чисел (гл.22–24) убедительно подтверждена настенными надписями в Тель Дейр-Алле около устья реки Иавок. На рубеже XIII и XII веков до н. э. по данным археологов были разрушены северные и южные города Вефсамис (Бейт-Шемеш), Тимна, Тель Бейт-Мерсим и Тель Халиф, что не противоречит библейской традиции. По мнению израильского археолога Игаэля Ядина, крупнейший ханаанский город Хацор был уничтожен в результате прихода израильтян. В Бейтине (Бей-Эль) разрушено укрепленное ханаанское поселение Позднего Бронзового века, которое было восстановлено уже в XII веке до н. э., что, по словам археолога Амихая Мазара, также подтверждает подлинность библейского рассказа о завоевании Ханаана.
В Книге Судей (1;27–35), а также в Книге Иисуса Навина перечислены не завоеванные израильтянами территории Ханаана. В некоторых из этих мест, таких как Веф-Сан, Мегиддо (Меггидон) или Гезер, ханаанская культура с дополнительными элементами, привнесенными «народами моря», существовала с начала Железного века, что соответствует данным Библии. В Таанахе ханаанский город был разрушен к концу XIII века до н. э., и на его месте выросло небольшое поселение израильтян. В Сихеме же, где неподалеку от города после перехода через Иордан был вновь подтвержден союз Израиля с Господом, ханаанский город, по мнению археологов, находился вплоть до XI века до н. э.
Археологическая разведка выявила принципиально новый тип расселения, сложившийся с начала XII века до н. э. Сотни мелких поселений, определенно связанных с израильтянами, возникли в гористых районах Верхней и Нижней Галилеи, на холмах Самарии, в северном Негеве, в центральном и северном Заиорданье. Площадь некоторых из них едва