Котова сняли с должности начальника ВЦ минобороны, исключили из партии и уволили из армии. Так он стал полковником запаса.
Затем он работал в ВЦ министерства радиопромышленности, стал его директором и разработчиком Отраслевой автоматизированной системы управления (ОАСУ) этого министерства. Не оставив научную деятельность, он разработал теорию «Ассоциативного программирования» – метода обработки больших массивов разнообразных данных, не обязательно цифровых. В 64 году его восстановили в партии. С 70 года Котов перешел в министерство здравоохранения, где разработал ОАСУ министерства. Его перу принадлежало шесть монографий по отраслевым информационным и управляющим системам.
С 80 года, в возрасте 60 лет ученый перешел на преподавательскую работу и стал заведовать кафедрой в МИРЭ. А в 94 году, в 73 года ушел «на покой».
На досуге, выстукивая на клавиатуре свои мемуары, он сожалел, что новая капиталистическая власть вместе с недостатками советского строя выплеснула и все его достоинства. Пожалуй, новая олигархическая «элита» оказалась ничуть не лучше старой коммунистической номенклатуры. А может быть, даже, хуже. Те, по крайней мере, прикрывались фиговыми листками заботы о народе, о равенстве, о социальной справедливости. И заботились, в меру своего понимания, о благе государства.
А новые беззастенчиво грабили страну, продавая ее природные богатства за рубеж, а вырученные за них деньги выводили на свои заграничные счета, закупая там дворцы, виллы и яхты. Тем самым, обворовывая будущие поколения. Хотя, «новыми» они были весьма относительно. Большей частью, все эти так называемые «новые русские» были бывшими комсомольскими и партийными работниками, ментами и чекистами, быстренько порвавшими свои партбилеты и примкнувшими под знамена «демократии». С целью личного обогащения, понятное дело.
Уставшая лицемерно прикидываться бескорыстной, партийная номенклатура решила захватить всю бывшую государственную собственность в свои загребущие ручки. И успешно с этим справилась. А простой народ, включая интеллигенцию, просто провели, как малых детей.
В результате бурной деятельности