Так оно и было. Сломленный ужасными пытками, Матвей Башкин вначале едва не лишился рассудка, «язык извеся, непотребное и нестройное говорил многие часы, и потом в разум пришел… и потом начал каяться… и свое еретичество, и хулы, и своих единомышленников написал своей рукой… и потом начал своих единомышленников перед царем на соборе с очей на очи обличать». Среди прочих Башкин приписал «многие богохульные вины» бывшему троицкому игумену Артемию.
Верный своим убеждениям, Артемий не мог спасаться, обвиняя другого человека, и, как сам не раз советовал в своих письмах, решил отойти от творящих зло, не спорить со «лжесловесниками». Он молча собрался и ушел из Москвы в Порфирьеву пустынь. Этот демонстративный шаг дался Артемию нелегко; он понимал: теперь его могут обвинить в том, что, чувствуя свою вину, он бежал от суда. «Я не ведаю, как быть», – говорил он своему келейнику Леонтию перед уходом.
Худшие предположения Артемия оправдались. Его быстро выследили, схватили в Порфирьевой пустыни и вместе с другим монахом-нестяжателем, Саввой Шахом, заковав в кандалы, повезли в Москву как преступников. Новоявленного еретика должен был судить церковный собор во главе с митрополитом Макарием. В нем принимали участие видные деятели церкви: архиепископ Ростовский и Ярославский Никандр, епископы – Суздальский и Тарусский Афанасий, Рязанский и Муромский Касьян, Тверской и Кашинский Акакий, Коломенский и Каширский Феодосии, Сарский и Подонский Савва, а также архимандриты, игумены, протопопы столичных монастырей и церквей и случайно оказавшиеся в Москве лица из других городов. Подавляющее большинство судей (хотя, как мы убедимся, не все) принадлежало к лагерю иосифлян и было заранее уверено в вине своего идейного противника.
Вот как четко и определенно оценил состав и цели суда над Артемием выдающийся русский полководец и публицист князь Андрей Михайлович Курбский: «Любостяжательные и всякого лукавства исполненные монахи… оклеветывают преподобного и премудрого Артемия, бывшего игумена Сергеева монастыря… будто бы он был причастен и согласен с некоторыми люторскими расколами… Тогда вмиг царь наш с преюродивыми, отнюдь не искусными епископами, уверовал им и собрал соборище, отовсюду совлек духовных чиновников, и повелел привести из пустыни, оковавши, преподобного мужа Артемия, столь честного и премудрости исполненного, еще без очных ставок и суда… Ибо воздвигли гонения на того епископы