Один из предводителей повстанцев, Генрих Монте Натангенский, получил воспитание в Магдебурге, где и крестился, но потом опять вернулся к языческой вере предков. Он перенял боевые порядки и осадные орудия рыцарского войска. Пруссам удалось захватить ряд орденских крепостей. Они часто строили против неприятельских укреплений свои временные деревянные крепости и, блокируя пути подвоза продовольствия, брали неприятеля измором.
Из крупных крепостей пруссам удалось захватить и разрушить Мариенвердер. Гарнизон Крейцбурга был почти полностью вырезан при попытке прорваться из города. Больше повезло гарнизону Визенбурга, который ушел в Польшу. Заметив его уход, вождь прусского племени бартов Диван бросился в преследование вместе с 13 всадниками. Это показывает, что численность как защитников укреплений, так и осаждающих порой составляла всего несколько десятков человек. Дивану удалось настичь тевтонцев, но в завязавшейся схватке он был ранен, после чего прусский отряд отступил.
Также и защитники Бартенштейна, выдержав четырехлетнюю осаду, сумели пробраться в Кенигсберг и Эльбинг. Осажденные в течение нескольких дней перед тем, как уйти из крепости, не показывались на стенах. У пруссов создалось впечатление, что рыцари уже ушли из Бартенштейна. Когда же осаждающие приблизились к крепости, то были встречены градом стрел и камней и понесли существенные потери. На следующий день рыцари действительно покинули Бартенштейн, оставив в городе одного своего раненого товарища. Он еще несколько дней звонил в колокол, поддерживая у противника уверенность, что тевтонцы еще в крепости. Когда пруссы раскрыли обман, было уже поздно: рыцари благополучно достигли Кенигсберга и Эльбинга.
Портовые крепости Мемель, Кенигсберг, Балга, Эльбинг, Торн и Кульм остались в руках рыцарей. Особенно тяжелую осаду выдержали Балга и Кенигсберг. Помощь ордену со стороны Польши также воспрепятствовала повстанцам освободить всю территорию страны.
22 января 1262 года на помощь осажденным в Кенигсберге тевтонцам прибыли из Германии на судах отряды графов Юлиха и Берга, но пруссы их разбили и вынудили убраться восвояси. Только три года спустя с прибытием крупных контингентов рыцарских войск во главе с герцогом Брауншвейгским и ландграфом Тюрингским осада с Кенигсберга была снята, и Тевтонский орден перешел в наступление. Два предводителя пруссов, Генрих Монте Натангенский и Глаппе Эрмландский, были захвачены в плен и казнены. Диван Бартский погиб при осаде пруссами крепости Шензее. Еще один прусский военачальник, вождь племени зудавов (судинов) Скуманд ушел со своими