Одной из версий появления дела «авиаторов» называли конфликт конструктора Яковлева с руководством авиационной отрасли. Яковлев неоднократно критиковал своих оппонентов за нежелание развивать реактивное самолётостроение, предлагая свою модель реактивного аппарата, а Шахурин поддерживал идею копирования разработок немцев с целью экономии времени и денег.
В ходе предварительного расследования по делу, обвиняемые полностью признали свою вину либо сделали это с незначительными оговорками. Однако Абакумов помимо «дела авиаторов» собирал компромат и на маршала Жукова, частично ему это удалось. В ходе допросов Новиков показал, что имел неоднократные беседы с Жуковым, в ходе которых тот часто возвеличивал собственную роль в деле Победы над фашистской Германией, принижал вклад остальных полководцев, в том числе и самого Сталина. Показаний на Георгия Жукова следователи собрали достаточно много.
В начале марта 1946 года Сталин позвонил в Берлин и предложил Жукову пост Главнокомандующего сухопутными войсками. На следующий день Жуков сдал все дела в Германии генерал-полковнику Василию Соколовскому и вылетел в Москву. Тучи над Жуковым продолжали сгущаться.
Показания Александра Новикова 1 июня 1946 года зачитали во время заседания Высшего военного совета, прошедшего при участии Сталина. По итогу приняли решение снять Жукова с основных государственных должностей. Совмин это решение утвердил. На тот момент Георгий Константинович занимал пост замминистра ВС СССР и Главнокомандующего сухопутными войсками. 9 июня Сталин как Министр ВС СССР подписал Приказ № 009, утвердивший решение Высшего военного совета и Совмина, где указывались основные обвинения против Георгия Жукова:
публичное выражение недовольства решениями Правительства СССР в среде подчиненных;
приписывание себе заслуг по разработке и проведению многих основных удачных военных операций в ходе ВОВ;
противопоставление своего мнения руководству страны путем группирования вокруг себя недовольных начальников, отстранённых от управления из-за допущенных ими ошибок.
В завершении Приказ гласил, что Жукова назначают командующим войсками Одесского Военного Округа.
Позже продолжилась опала маршала Победы в связи с так называемым «трофейным делом» после того, как в августе 1946 года министр вооруженных сил Николай Булганин сообщил Сталину о задержании под Ковелем семи следовавших из Германии железнодорожных вагонов, заполненных принадлежавшей Жукову мебелью (194 предмета).
А за год до этого, в июле 1945 года генерал-полковника Василия Гордова назначили командовать небольшим приволжским военным округом, и в ноябре выпроводили в отставку.
Считая себя несправедливо обиженным, Гордов часто вёл откровенные разговоры с женой, не стесняясь в выражениях, о положении