В качестве репрессивных мер по отношению к большинству возможных изменников было выбрано удаление и переселение неблагонадежных элементов из Новгорода и Пскова подальше, в иные населенные пункты. Р. Г. Скрынников отметил, что количество удалённых псковичей, намного превышало численность новгородских. Из этого он сделал логичный вывод, что начальная вина Пскова в глазах государя превышала новгородскую. В общей сложности из двух городов выселили около 650 семей[164]. Обозы с переселенцами тянулись из Пскова на восток с весны 1569 года несколько месяцев. Как предполагает всё тот же учёный, тень на псковичей бросило и тесное общение беглого князя А. М.Курбского с псковско-печерскими монахами. В одной из своих работ Скрынников напрямую называет Курбского причастным к новгородской интриге[165]. Даже если это не так, с монахами Курбский общение поддерживал и обращался к ним за помощью. Естественно, царь об этом знал. Несмотря на то, что к моменту этих событий Курбский находился давно в Литве, это не исключало его возможного участия.
Беда, как известно, не приходит одна, а грозовой фронт не состоит из одной тучи. Атмосфера накалялась. Одновременно в Швеции произошёл государственный переворот. Эрик IV был свергнут с престола. Он неоднократно обращался к русскому царю за помощью. Когда Иоанн согласился таковую оказать, дело отчаянно замедлилось. В процессе длительных переговоров с русскими послами время было упущено. Накануне случившегося Эрик казнил ряд знатных придворных, что послужило спусковым крючком для массовых волнений. По мнению некоторых учёных, Иоанн увидел в происходящем параллели с собственным царствованием. А раз так, то, скорее всего, он опасался и схожей концовки.
По предположению Скрынникова, карательный поход на Псков и Новгород задумывался и разрабатывался уже летом 1569 года (если не раньше!), но осуществить план не удалось из-за возможной угрозы, исходящей от турок-османов и Крымской орды,