Важным этапом разработки «государства в государстве» было формирование охранного корпуса – опричного войска. Изначально корпус насчитывал около 500–700 (по некоторым подсчетам, 1000) телохранителей царя. Со временем численность корпуса естественно увеличилась, но не сильно. «Полк сатанинский» – так назовёт А. М. Курбский новую охрану Иоанна.
Москву государь стал посещать редко, но и в столице выстроил опричный дворец, о котором очень подробно писал Генрих Штаден. Новые постройки заняли территорию от Москвы-реки вдоль будущей Остоженки до Волхонки, весь район Воздвиженки и Арбата до Дорогомиловского всполья и Большую Никитскую до реки Неглинной.
Не смотря на логичную формулировку «опричнина – военная реформа», нельзя не признать, что военных выступлений у опричного войска было крайне мало. Практически все походы перечисляет в своих работах Д. М. Володихин, выделяя пять крупных. Это несколько противоречит убеждению историка касаемо того, что борьба с внутренними врагами стояла в списке задач где-то на последнем месте. Первое время казни изменников действительно на «террор» не походили и выглядели исключением[93]. Начало опричнины ознаменовалось трагической казнью князя А. Б. Горбатого (с семнадцатилетним сыном Петром), представителя старомосковского рода П. П. Головина (тестя Горбатого) и нескольких Оболенских. Весной 1565 года казни, затронувшие сторонников Старицких, выглядели весьма планомерно и совсем не походили на панику. То, что обычно подразумевают под опричными «репрессиями», возникло лишь после дела И. П. Фёдорова. Необходимо отметить и то, что до «новгородского погрома», репрессии затрагивали лишь верхний слой Государева двора, но не наносили существенного ущерба простому люду.
Конец опричнины и её затухание после 1570 года тоже вызывают массу вопросов. Одни учёные считают, что переломным моментом стал татарский набег 1571 года. После потери Москвы, выгоревшей дотла, стало ясно – проект себя не оправдал. Опричный корпус, созданный для безопасности монарха, с треском провалил миссию. Да и в целом деление армии на «земскую» и «опричную» ничего не дало. Другие учёные убеждены, что опричнина, наоборот, выполнила свои задачи (среди которых не было защиты от набегов внешнего врага) и изжила себя естественным образом, после чего была отменена. А случилось это после 1572 года, когда опричные и земские объединились для битвы с татарами при Молодях. Впервые за долгое