Новый царь Вавилона Навуходоносор II, желая завладеть Сирией, вступил в борьбу с Египтом и в кровопролитном сражении у города Кархемис (Кархемиш) в 605 г. до н. э. разбил своего главного врага. Захватив сирийские земли, Навуходоносор вышел к границам Иудеи. Иоаким вынужден был признать власть Вавилона, как до этого признал власть Ассирии и Египта. При этом зависимость от Вавилона крайне тяготила его, и он искал случая, чтобы стать независимым. Он вступил в переговоры с фараоном и, добившись союза с ним, в 601 г. до н. э. пошел войной против Навуходоносора II. Вавилон в это время был занят войной с Египтом. Навуходоносор направил часть своего войска против Иудеи, отвлекая ее своими набегами на приграничные территории.
Разгромив Египет и захватив часть Палестины, Навуходоносор выступил с основными силами против Иудеи. В это тревожное время умер Иоаким. Жители Иерусалима возвели на престол его восемнадцатилетнего сына Иехонию (598 г. до н. э.), но бразды правления захватила его мать. Новый царь находился у власти чуть больше трех месяцев.
Занимая по пути города, вавилоняне подошли к Иерусалиму и осадили его. Город, как оказалось, не был готов к продолжительной осаде, да и надежды на помощь Египта уже не было. Царь, призвав первосвященника, объяснил ему всю безнадежность ситуации. Не исключено, что решался вопрос и о Ковчеге, а чтобы его как следует спрятать (старый тайник к этому времени, видимо, стал ненадежен), нужно было время. Продержавшись три с половиной месяца (видимо, этого времени хватило), Иехония с царицей в сопровождении приближенных явился в лагерь халдеев[46]. Он лично изъявил покорность Навуходоносору и попытался смягчить его гнев. Но все было напрасно, Навуходоносор задержал их и отправил в плен в столицу Вавилона. Он также ограбил царский дворец и храм, забрав оттуда большое количество золота[47].
Ковчег захвачен не был, скорее всего он был перепрятан в новый тайник, а попытка халдеев выяснить его местонахождение не увенчалась успехом. Не исключено, что именно поэтому за царем в плен были уведены первосвященник и другие знатные люди. Но круг посвященных был очень ограничен, и тайну Ковчега удалось сохранить. Всего в плен было отправлено более десяти тысяч человек.
На престол в Иерусалиме Навуходоносор II поставил младшего сына Иосии – Метафанию. Вавилонский царь дал ему имя Седекия