Количество церковных приходов за 1954–1963 годы было принудительно сокращено с двадцати до восьми тысяч, закрыты 31 монастырь и 5 семинарий.
Церкви закрывались под разными надуманными предлогами: то потому, что церковь была открыта в войну на оккупированной территории по разрешению немецких властей, то из-за того, что вблизи храма расположена школа, или под предлогом, что церковь мешает движению транспорта. Снова, как в 20-х годах, воинствующие безбожники устраивают костры из икон и церковных (в том числе старопечатных) книг. В некоторых местах возобновляется добыча золота путем опускания икон в чаны с кислотой.
В Кировской епархии из 75 православных приходов, существовавших в 1959 году, к 1964 году осталось всего 35; 7 деревянных церквей разобрали, одна каменная, в епархиальном городе, взорвана; в остальных 32 – богослужебные книги и иконы сожжены, сами храмы разорены дотла. В Московской епархии с 1959-го по 1963 год закрыли более половины церквей. В Москве летом 1964 года впервые за послевоенное время разрушили храм – Малого Преображения, в котором еще недавно совершал богослужение митрополит Крутицкий Николай. Особенно тяжко пострадали Белоруссия, Малороссия, Молдавия. В Днепропетровской и Запорожской епархиях в 1959 году было 285 приходов, а к 1961 году осталось всего 49. В Киеве у Церкви отняли Андреевский собор. В Карелии в 1963 году местные власти подготовили список 116 деревянных церквей XVI–XVIII веков, подлежавших безотлагательному уничтожению.[29] В селе Горцы Новгородской области закрыли храм, сняли иконы, выбросили церковную утварь. В Харькове без всякого согласия со стороны верующих закрыли крупный храм Александра Невского и взорвали его. В городе Ниасе (Мордовская АССР) верующие затратили на восстановление церкви 150 тыс. рублей, здание церкви было капитально отремонтировано, а потом по распоряжению городских властей отобрана у них.
Соответственно уменьшилось и число служащих священников и диаконов. К 1961 году оставалось лишь 8252 священника и 809 диаконов; к 1967 году – 6694 священника и 653 диакона. Сокращался прием в духовную семинарию.[30]
Под предлогом ремонта и реставрации в 1963 году закрыли древнюю святыню Русского народа – Киево-Печерскую лавру, на поклонение которой ежегодно приходили до полумиллиона паломников. Делалась попытка закрыть и Почаевскую Успенскую лавру, однако она не удалась.
Под страхом тюрьмы запрещается паломничество к святым местам, поклонение святым мощам. Священников и епископов запугивают, а нередко и избивают.
Весной 1961 года подстрекаемый властями хулиган нападает на самого Патриарха. «1 апреля сего года, – писал Алексий I, – на праздник Вербное воскресенье в Богоявленском соборе во время моего возвращения в алтарь на ступеньках к алтарю произошло нападение на меня неизвестного злоумышленника, который с криком «ах, патриарх!» бросился на меня с поднятыми руками, чтобы нанести мне удар».
Как рассказывает митрополит Петербургский и Ладожский